يشتهر هويستن،‏ ولا سيما بين مَن يدرسون الكتاب المقدس،‏ بترجمته الى الانكليزية كتابات المؤرخ اليهودي فلافيوس يوسيفوس الذي عاش في القرن الاول.‏ وتسلِّط اعمال يوسيفوس الضوء على التاريخ اليهودي وحياة المسيحيين الاوائل.‏

استغل هويستن ذكاءه اللامع في دراسة مواضيع شتى،‏ وخصوصا في مجالي العلم والدين.‏ وقد آمن ان رواية الخلق في الكتاب المقدس دقيقة،‏ وأن التصميم والعبقرية والتنظيم في الطبيعة تشهد جميعها على ابداع الله.‏

من ناحية اخرى،‏ رأى هويستن ان كنائس العالم المسيحي انقسمت الى طوائف عديدة لأن رجال الدين ابتعدوا عن الكتاب المقدس،‏ مفضِّلين تقاليد وتعاليم المجامع الكنسية والآباء المزعومين التي لا تمت الى كلمة الله بصلة.‏

وبما انه علَّق اهمية كبيرة على حق الكتاب المقدس،‏ شجب عقيدة العذاب الابدي بالنار.‏ فقد وجد ان هذه الفكرة وحشية ومنافية للمنطق،‏ ومسيئة الى الله ايضا.‏ لكنَّ رفضه عقيدة الثالوث هو سبب المواجهة الرئيسي بينه وبين السلطات الكنسية.‏ تقول هذه العقيدة ان الله الواحد هو في ثلاثة اقانيم،‏ الآب والابن والروح القدس،‏ وهي متساوية في الازلية.‏

بعد البحث والتدقيق،‏ استنتج هويستن ان المسيحيين الاوائل لم يعلِّموا الثالوث.‏ بل تسلَّلت هذه العقيدة لاحقا الى المسيحية من الفلسفة الوثنية.‏ * ورغم ان اصدقاءه حذَّروه من مغبَّة نشر ما توصل اليه،‏ لم يستطع غض النظر عمّا اعتبره تحريفا لطبيعة المسيح بصفته ابن الله المخلوق.‏

وبخلاف نيوتن الذي اعتبر الثالوث تعليما باطلا لكنه تكتَّم على رأيه،‏ لم يلزم هويستن الصمت،‏ مع ان جامعة كَيمبريدج كانت تنحّي كل مَن يعلِّم تعاليم تتعارض مع العقيدة الانغليكانية.‏ كتب:‏ «لن تثنيني اية مطامح عالمية عن المجاهرة برأيي».‏

لذلك طُرد هويستن من كَيمبريدج في عام ١٧١٠ لأنه لم يساير على حساب معتقداته.‏ وهكذا تحوَّل من «اكاديمي مشهور الى شخصية منبوذة».‏ الا ان ذلك لم يردعه.‏ حتى حين وجِّهت اليه تهمة الهرطقة،‏ كتب سلسلة مقالات بعنوان:‏ إحياء المسيحية الباكرة ‏(‏بالانكليزية)‏،‏ اشارة الى المسيحية التي انتهجها أتباع المسيح الاوائل.‏ كما انه أسس لاحقا جمعية تروِّج للمسيحية الباكرة عقدت اجتماعاتها في بيته بلندن.‏

صحيح انه عُزل عن منصبه وتدهورت حالته الاقتصادية فترة من الوقت،‏ لكنه واظب على الكتابة وإلقاء المواعظ في مقاهي لندن.‏ وفي عام ١٧٣٧،‏ نشر ترجمته لكتابات يوسيفوس،‏ مساهمة منه في فهم تاريخ المسيحية الباكرة.‏ وهي لا تزال تطبع الى الآن.‏

يقول جيمس إ.‏ فورس ان كثيرين اليوم يرون في هويستن «شخصية غريبة لا مثيل لها» بسبب موقفه الشجاع انما غير المحبوب.‏ اما آخرون فيكنّون له كل الاحترام والتقدير بصفته رجلا امينا لمبادئه،‏ عالِما للكتاب المقدس،‏ وباحثا مخلصا عن الحق.‏