S’havien proposat moltes teories sobre la causa d’aquesta malaltia, però cap d’elles resolia el misteri. Tots els esforços per reduir la taxa de mortalitat resultaven inútils. Preocupat pel gran nombre de mares que patien una mort lenta i angoixant, Semmelweis es va decidir a trobar la causa de la malaltia i prevenir-la.

L’hospital on Semmelweis treballava tenia dues clíniques de maternitat independents i, curiosament, el nombre de mares que morien era molt més elevat a la primera que a la segona. L’única diferència entre les dues clíniques era que els alumnes de medicina estudiaven a la primera i les llevadores a la segona. Per què era tan diferent el nombre de morts? Per tal de trobar la resposta a aquesta pregunta, Semmelweis va anar descartant, una a una, cadascuna de les possibles causes de la malaltia, però no aconseguia identificar-ne l’autèntic origen.

Al principi de l’any 1847, Semmelweis va topar amb una pista crucial. El seu amic, el doctor Jakob Kolletschka, va morir de sèpsia, una infecció a la sang, després de fer-se una ferida mentre realitzava una autòpsia. Quan va llegir l’informe de l’autòpsia de Kolletschka, Semmelweis es va adonar que, en alguns aspectes, els resultats eren idèntics als de les víctimes de febre puerperal. Per tant, Semmelweis va pensar que el que ell va anomenar «matèria cadavèrica»  possiblement estava infectant les dones embarassades i els hi provocava febre puerperal. Els doctors i els estudiants de medicina que realitzaven autòpsies abans d’entrar a la sala de maternitat havien estat transmetent involuntàriament aquesta patologia a les dones embarassades en les exploracions obstètriques o durant el part. La taxa de mortalitat de la segona clínica era molt més baixa perquè les estudiants de llevadora no realitzaven autòpsies.

Immediatament, Semmelweis va introduir una política estricta de neteja que incloïa desinfectar-se les mans amb una solució de calç clorurada abans d’examinar les dones embarassades. El resultat va ser impressionant: la taxa de mortalitat es va desplomar del 18,27% l’abril, al 0,19% a finals d’any.

No tothom va estar d’acord amb l’èxit de Semmelweis. Els resultats de la seva investigació qüestionaven les teories sobre la febre puerperal plantejades pel seu supervisor, qui trobava irritant la seva insistència. Finalment, Semmelweis va perdre la seva feina a Viena i va aconseguir una plaça a l’hospital St. Rochus, a Pest (Hongria). Allà es va fer càrrec del departament d’obstetrícia, on la seva metodologia va fer disminuir la taxa de mortalitat per sota de l’u per cent en casos de febre puerperal.

El 1861, Semmelweis va publicar la seva obra més important, Die Ätiologie, der Begriff und die Prophylaxis des Kindbettfiebers («Etiologia, concepte i profilaxi de la febre puerperal»). Per desgràcia, no es va reconèixer la importància de la seva recerca fins passats uns anys i això va resultar en moltes morts que s’haurien pogut evitar.

Finalment, Semmelweis va ser reconegut com un dels pares de les tècniques antisèptiques modernes. La seva feina va ajudar a provar que la matèria microscòpica pot causar malalties. Ell forma part de la història de la teoria microbiana de la malaltia, considerada «l’aportació més important a la ciència i la pràctica mèdica». És interessant saber que uns tres mil anys abans, la Llei mosaica, que més tard es va incloure a la Bíblia, ja havia ofert guia assenyada sobre la correcta manipulació dels cadàvers.