教會​領袖​一​聽​到​耶和華見證人​重​獲​宗教​自由，就​氣​得​咬牙切齒。結果，有​超過​700​個​來​自​基督新教​的​牧師​和​宗教​領袖​聚集​在​雅加達，舉行​了​一​場​研討會，企圖​向​政府​施加​壓力，讓​他們​重新​頒布​禁令。可是，政府​仍然​維持​原本​的​立場。

禁令​解除​的​消息​很​快​傳遍​全​國，許多​感​興趣​的​人​寫​信​給​分部​辦事處​索取​書刊，或​想​要​有​聖經​的​討論​課程。2003​年，有​4萬2000​多​人​參加​耶穌​受難紀念​聚會，出席​人數​超過​當時​印尼​傳道員​總數​的​一​倍。此外，也​有​將近​一萬​人​參加​在​雅加達​舉行​的​大會，其中​包括​一​位​宗教部​的​高層​官員。這​位​官員​看​到​會場​裡​無論​是​小孩​還是​大人，都​翻​開​聖經​查看​講者​所​用​的​經文，就​很​驚訝。他​向​弟兄​保證，一定​會​把​關於​耶和華見證人​的​不​實​報導​加以​澄清。

禁令​解除​後，有些​特派​傳道員​返回​印尼​服務。第​一​批​重返​印尼​的​特派​傳道員​分別​是：從​所羅門​群島​來​的​約瑟夫​和​赫拉瓦蒂·諾伊哈爾特 *，來​自​日本​的​比爾​和​內納·佩里，還​有​從​台灣​來​的​譚賀能、譚敏琪​以及​戴和明、戴妮娜​夫婦。接著，新​的​特派​傳道員​也​陸續​抵達，他們​被​派​往​北蘇門答臘、加里曼丹、北蘇拉威西​和​其他​的​偏遠​地區​服務。

 2005​年，分部​辦事處​舉辦​了​兩​個​訓練班。尤利奧努什·伯尼格​是​組織​事務​訓練班​的​導師（現在​稱​為​王國​傳福音者​訓練班），他​説：「我​很​高興​可以​幫助​學生​改善​教導​和​演講​的​能力，這樣​他們​就​能​為​組織​提供​更​好​的​服務。」現在​這個​訓練班​的​畢業生，很​多​都​成為​特別​先驅​或​分區​監督。禁令​期間，有些​弟兄​已​受​到​培訓。禁令​過後，他們​當中​有​許多​人​參加​了​第​一​屆​的​區域​監督​和​分區​監督​訓練班 *，這個​課程​使​他們​能​更​有效​地​執行​交託​的​任務。其中​一​位​畢業生​蓬佐·普拉佐約​説：「這個​訓練班​幫助​我​更​體恤​別人，也​更​有​責任感，想​做​好​分區​監督​的​工作。課程​結束​後，我​覺得​整個​人​都​煥然一新、衝勁​十足！」

在​工作​受​禁止​的​25​年​間，印尼​大​部分​的​會眾​都​在​私人​家​裡​舉行​聚會。雖然​少數​的​會眾​有​能力​興建​自己​的​王國聚會所，但​也​無法​取得​建築​聚會所​的​許可證。由於​許多​會眾​紛紛​建立，印尼​分部​設立​了​王國聚會所​建築​工程部（現​稱​本地​設計​及​建築部），以​解決​這​項​迫切​的​需求。

北蘇門答臘省​的​尼亞斯島​是​最​早​從​這個​建築​計劃​獲​益​的​地區​之​一。豪戈阿羅·格阿​已經​在​古農西托利​會眾​很​多​年​了，他​説：「我們​一​聽​到​會​有​新​的​王國聚會所，就​非常​興奮。分部​辦事處​派​了​七​個​志願​建築人員​來​監督​這​項​工程。2001​年，我們​的​聚會所​終於​完工​了。」法那舍奇·勞里​是​當地​建築​委員會​的​成員，他​提​到：「我們​先前​在​私人​家​裡​聚會，社區​裡​的​人​都​很​瞧不起​耶和華見證人，但是​王國聚會所​一​落成，我們​平均​的​聚會​人數​便​從​20​人​提高​到​40​人。短短​一​年​內，參加​聚會​的​人數​就​增加​了​五​倍​以上。現在​我們​的​聚會所​是​當地​最​美​的​建築物，社區​裡​的​人​也​很​尊重​耶和華見證人。」

2006​年，西爪哇省​萬隆市​的​弟兄​開始​尋找​適當​的​物業，好​興建​當地​的​第​一​棟​王國聚會所。辛阿普·帕尼艾坦​是​個​長老，在​建築​委員會​服務，他​説：「我們​花​了​一​年​才​找​到​合適​的​物業。可是​要​拿​到​政府​的​建築​許可，我們​還​需要​至少​60​個​非耶和華見證人​的​鄰居​同意。結果​有​76​位​鄰居​支持​我們​的​建築​計劃，其中​包括​一​位​很 有​影響力​的​女士，雖然​她​一​開始​持​反對​態度，最後​也​轉​而​支持​我們。聚會所​落成​後，我們​舉行​開放​參觀日，邀請​萬隆市​市長​及​附近​的​人​來​參加。市長​評論​説：『你們​的​聚會所​很​乾淨​也​很​整齊，其他​教會​應該​向​你們​好好​學習！』」這​棟​兩​層​樓​的​王國聚會所​在​2010​年​舉行​呈獻禮。

自​2001​年​以來，印尼​已​蓋​了​超過​100​間​王國聚會所，可是​目前​仍​急需​更​多​的​聚會所。