WHISTON je známý také tím, že do angličtiny přeložil spisy Josepha Flavia, židovského historika z prvního století. Dílo The Works of Josephus obsahuje mnoho informací o židovské historii a životě prvních křesťanů.

Whiston využil svůj pronikavý intelekt v mnoha oblastech, především ve vědě a náboženství. Byl přesvědčený, že biblická zpráva o stvoření je přesná a že konstrukční řešení, elegance a řád, které jsou patrné v přírodě, poukazují na toho největšího architekta – na stvořitele.

Také zastával názor, že křesťanské církve se roztříštily do mnoha denominací proto, že se duchovní odchýlili od Bible a dávali přednost nebiblickým naukám a tradicím, které byly přijaty na církevních sněmech a které vyučovali takzvaní církevní otcové.

Jelikož Whiston považoval Bibli za knihu, která odhaluje náboženskou pravdu, zavrhl nauku o věčných mukách v pekle. Byla podle něj nesmyslná a krutá a navíc urážela Boha. Církevní autority si však proti sobě popudil hlavně tím, že odmítl nauku o Trojici. Ta definuje Boha jako tři sobě rovné a stejně věčné osoby, kterými jsou Otec, Syn a Duch svatý. Přesto to nejsou tři bohové, ale pouze jeden.

Po důkladném výzkumu došel Whiston k závěru, že první křesťané nauku o Trojici nevyučovali, ale že byla přijata později, když do křesťanství pronikla pohanská filozofie. * Jeho přátelé ho upozorňovali, že publikovat takové názory by mohlo být nebezpečné. Whiston však nedokázal ignorovat to, že se překrucuje Ježíšova pravá podstata, tedy že Ježíš je Boží Syn a stvořená bytost.

Cambridgeská univerzita zbavila úřadu kohokoli, kdo šířil myšlenky, které byly v rozporu s učením anglikánské církve, a to hrozilo i Whistonovi. On se ale nedal umlčet. Napsal: „Žádné světské výhody . . . mě neodradí.“ Trojici považoval za falešnou nauku i Newton, ale o svých názorech veřejně nemluvil.

V roce 1710 byl Whiston z univerzity vyloučen. Protože se nechtěl vzdát svého přesvědčení, přišel o věhlas, který měl jako univerzitní profesor, a stal se vyděděncem. Ani to ho však nezastrašilo. Když čelil obvinění z kacířství, napsal sérii pojednání nazvanou Primitive Christianity Revived (Prvotní křesťanství oživeno). Později založil Společnost na podporu prvotního křesťanství, která se scházela v jeho londýnském domě.

I když přišel o post profesora a nějakou dobu měl finanční potíže, dál se věnoval psaní a přednášel v londýnských kavárnách. V roce 1737 vydal překlad spisů Josepha Flavia, protože chtěl lidem přiblížit, jak se žilo v době, kdy vznikalo křesťanství. Tento překlad se tiskne až dodnes.

Whiston odvážně zastával nepopulární názory, a tak ho dnes mnozí považují za „výstředního člověka,“ říká spisovatel James E. Force. Jiní ho však obdivují jako znalce Bible, jako upřímného badatele, který hledal náboženskou pravdu, a jako muže, který byl rozhodnutý žít podle svého přesvědčení.