V řecké Septuagintě se používají synonymicky dva výrazy, a to ek·kle·siʹa, což znamená „shromáždění“ nebo „sbor“, a sy·na·go·geʹ (shromažďování). Slovo „synagóga“ se nakonec začalo používat pro místo nebo budovu, kde se konalo shromáždění. Svůj původní význam však toto slovo zcela neztratilo; označení Velká synagóga se totiž vztahovalo ne na velkou budovu, ale na shromáždění význačných hebrejských učenců, jimž se přisuzuje zásluha za ustanovení kánonu Hebrejských písem pro palestinské Židy. Tvrdí se, že vznikla za dnů Ezry nebo Nehemjáše a trvala až do doby, kdy byl místo ní zaveden Velký Sanhedrin, tedy asi do třetího století př. n. l. Jakub používá toto slovo na křesťanské nebo veřejné shromáždění. (Jk 2:2)

Ve Zjevení 2:9; 3:9 se výraz ‚synagóga‘ vztahuje na shromáždění, které ovládá Satan. Čteme také o „Synagóze propuštěnců“. (Sk 6:9; viz heslo PROPUŠTĚNEC, SVOBODNÝ.)

Přesná doba, kdy byly synagógy zavedeny, není známa, ale zdá se, že k tomu došlo během 70 let vyhnanství v Babylóně, kdy neexistoval chrám, nebo krátce po návratu z vyhnanství, potom, co kněz Ezra silně zdůraznil, jak je nutné znát Zákon.

V době, kdy Ježíš Kristus vykonával svou službu na zemi, mělo v Palestině svou vlastní synagógu každé město, bez ohledu na svou velikost, a ve větších městech bývalo synagóg více. V Jeruzalémě jich bylo mnoho. V Písmu je dokonce zaznamenán případ, kdy synagógu pro Židy vystavěl jeden římský důstojník. (Lk 7:2, 5, 9) K nejvýznačnějším archeologickým objevům synagóg patří rozvaliny nalezené v místě zvaném Tell Hum (Kefar Nahum), což je pravděpodobně lokalita starověkého města Kafarnaum. Budova měla původně dvě patra. Data, která v souvislosti s touto synagógou znalci uvádějí, se pohybují mezi koncem druhého a začátkem pátého století n. l. Budova stála na místě dřívější synagógy, která je datována do prvního století n. l. Dřívější synagóga, jejíž část byla nedávno objevena, byla 24,2 m dlouhá a 18,5 m široká.

Starověké synagógy se vyznačovaly tím, že měly depozitář, v němž se ukládaly svitky Písma. Nejstarším zvykem — patrně z bezpečnostních důvodů — bylo uchovávat svitky buď mimo hlavní budovu, nebo v oddělené místnosti. Potom se začaly ukládat do přenosné schrány nebo skříňky, která byla po dobu uctívání  umístěna na vyhrazeném místě. U synagóg postavených později se schrána stala architektonickým prvkem stavby samotné, protože buď byla do jedné ze zdí vestavěna, nebo byla umístěna před ní. Vedle schrány, směrem ke shromáždění, byla umístěna sedadla pro předsedající úředníky synagógy a pro vážené hosty. (Mt 23:6) Zákon se předčítal z vyvýšeného pódia, jež bylo tradičně umístěno uprostřed synagógy. Kolem tří stěn byla místa k sezení či lavice pro posluchače a mohla zde být i oddělená část pro ženy. Umístění budovy bylo patrně považováno za důležité, protože šlo o to, aby ctitelé byli obráceni tváří k Jeruzalému. (Srovnej Da 6:10.)

Průběh uctívání. Synagóga sloužila jako místo pro vyučování, ne pro oběti. Oběti se přinášely výhradně v chrámu. Bohoslužebné úkony v synagóze se zřejmě skládaly z chvalořečení, modlitby, recitování a čtení Písma a také výkladu a vybízení nebo kázání. Chvalořečení se opíralo o Žalmy. Modlitby sice byly do jisté míry převzaty z Písma, ale během doby se z nich stalo dlouhé rituální modlení a často byly předstírané nebo okázalé. (Mr 12:40; Lk 20:47)

K uctívání v synagóze patřilo to, že se recitovala Šema neboli výrok, který se rovná židovskému vyznání víry. Pojmenování bylo převzato z prvních slov prvního biblického textu: „Naslouchej [Šemaʽʹ], Izraeli: Jehova, náš Bůh, je jeden Jehova.“ (5Mo 6:4) Nejdůležitější částí bohoslužby bylo čtení Tóry neboli Pentateuchu, což se konalo vždy v pondělí, ve čtvrtek a každý Sabat. V mnoha synagógách bylo čtení Zákona rozvrženo tak, aby byl celý přečten za jeden rok, v jiných bylo čtení rozvrženo na tři roky. Vzhledem k tomu, že se na čtení Tóry kladl takový důraz, mohl učedník Jakub členům vedoucího sboru v Jeruzalémě říci: „Mojžíš má totiž od starodávných dob po městech ty, kdo ho kážou, protože je každý sabat čten nahlas v synagógách.“ (Sk 15:21) Mišna (Megila 4:1, 2) se také zmiňuje o zvyku předčítat pasáže z proroků, jež jsou známy jako haftary, a podat k nim komentář. Když Ježíš vstoupil do synagógy ve svém domovském městě Nazaret, byl mu podán jeden ze svitků obsahujících haftary, jež se měly číst, a k tomu, co přečetl, potom podal komentář, jak bylo zvykem. (Lk 4:17–21)

Po přečtení Tóry a haftar a po komentářích k nim následovalo kázání či vybízení. Čteme, že Ježíš vyučoval a kázal v synagógách po celé Galileji. Rovněž Lukáš zaznamenává, že „po veřejném čtení Zákona a Proroků“ byli Pavel a Barnabáš vyzváni, aby mluvili, tedy aby kázali. (Mt 4:23; Sk 13:15, 16)

Pavlovo kázání. Po Letnicích roku 33 n. l. a po založení křesťanského sboru apoštolové, a zejména Pavel, v synagógách kázali často. Když Pavel vstoupil do města, obvykle šel nejdříve do synagógy a kázal tam; příležitost slyšet dobrou zprávu o Království tedy dal nejdříve Židům, a potom šel k pohanům. V některých případech kázal v synagóze po několik Sabatů, takže tomu věnoval poměrně dost času. V Efezu vyučoval v synagóze tři měsíce, a když se tam projevil odpor, odvolal odtamtud učedníky, kteří uvěřili, a asi po dva roky používal posluchárnu Tyrannovy školy. (Sk 13:14; 17:1, 2, 10, 17; 18:4, 19; 19:8–10)

Židovské synagógy Pavel nepoužíval jako místa, kde by se shromažďoval křesťanský sbor. Nekonal ani žádná nedělní shromáždění; Židům totiž kázal v židovském Sabatu, tedy v sobotu, protože to byl den, kdy se shromažďovali.

Podobné zvyky v křesťanském sboru. Pro první židovské křesťany nebylo obtížné vést řádná, poučná shromáždění, při nichž se studovala Bible; základním vzorem totiž pro ně byly synagógy, které dobře znali. Obojí mělo mnoho společného. V židovské synagóze, stejně jako v křesťanském sboru, neexistovalo žádné oddělené kněžstvo ani tam nebyl žádný duchovní, který by v podstatě mluvil sám. V synagóze se na čtení a na komentářích mohl podílet každý zbožný Žid. V křesťanském sboru měli činit veřejné prohlášení všichni jeho členové a měli se navzájem podněcovat k lásce a ke znamenitým skutkům, ovšem měli to dělat řádným způsobem. (Heb 10:23–25) V židovské synagóze ženy nevyučovaly ani nad muži neuplatňovaly autoritu, a nic takového nedělaly ani v křesťanském sboru. V 1. Korinťanům 14. kapitole jsou uvedeny pokyny pro shromáždění křesťanského sboru a je z nich patrné, že se postup velmi podobal způsobům uplatňovaným v synagóze. (1Ko 14:31–35; 1Ti 2:11, 12)

Synagógy měly předsedající úředníky a dozorce, stejně jako je měly rané křesťanské sbory. (Mr 5:22; Lk 13:14; Sk 20:28; Ří 12:8) Synagógy měly své sloužící či pomocníky a stejně je měli při svém uctívání i křesťané. Jeden muž byl označován jako vyslanec či posel synagógy. Protějšek tohoto úřadu se sice v historických záznamech o raném křesťanském sboru nevyskytuje,  ale podobné označení, totiž ‚anděl‘, nacházíme v poselstvích, která Ježíš Kristus adresoval sedmi sborům v Malé Asii. (Lk 4:20; 1Ti 3:8–10; Zj 2:1, 8, 12, 18; 3:1, 7, 14)

Jsou ještě další rysy, v nichž synagóga sloužila jako předchůdce křesťanských shromáždění, například: Místní synagógy uznávaly autoritu jeruzalémského Sanhedrinu, stejně jako křesťanské sbory uznávaly autoritu vedoucího sboru v Jeruzalémě, což jasně ukazuje 15. kapitola Skutků. Ani v synagógách, ani na místech, kde se shromažďovali křesťané, se nekonaly sbírky, a přece na obou těchto místech existovalo opatření, aby bylo možné poskytnout příspěvky jak pro shromáždění, tak pro jeho služebníky a pro chudé. (2Ko 9:1–5)

Obě tato místa sloužila kromě toho jako soudy. Synagóga byla místem, kde byly vyslýchány a řešeny méně závažné případy týkající se Židů; a tak i apoštol Pavel doporučuje, aby věci, které se týkají křesťanů, byly dávány k posouzení zralým členům sboru, a ne aby musely takové spory řešit světské soudy. (1Ko 6:1–3) V rámci synagógy mohl být udělen trest bitím, ale v křesťanském sboru se trest omezoval na přísné napomenutí. V křesťanském sboru, podobně jako v případě Židů v synagóze, bylo nejpřísnějším opatřením proti údajnému křesťanovi to, že mu byla odňata pospolitost neboli že byl z křesťanského sboru vyloučen. (1Ko 5:1–8, 11–13; viz hesla SBOR; VYLOUČENÍ.)

Ježíš předpověděl, že jeho následovníci budou v synagógách mrskáni (Mt 10:17; 23:34; Mr 13:9) a že z nich budou vyháněni neboli vylučováni. (Jan 16:2) Někteří z vládců mezi Židy uvěřili v Ježíše, ale nehlásili se k němu, protože se báli, že budou vyloučeni ze židovského sboru. (Jan 12:42) Jeden muž, který byl vyléčen z vrozené slepoty, vydal svědectví ve prospěch Ježíše a Židé ho za to vyhodili. (Jan 9:1, 34)