Když se představitelé křesťanských církví dozvěděli, že svědkové Jehovovi získali náboženskou svobodu, jejich frustrace neznala mezí. Přes 700 zástupců sedmi protestantských církví z řad duchovních i laiků se v Jakartě sešlo na konferenci s cílem přimět vládu, aby zákaz svědků obnovila. Ta ale nátlaku nepodlehla.

S tím, jak se šířila zpráva o zrušení zákazu, začaly do pobočky chodit dopisy od mnoha lidí, kteří měli zájem o naše publikace nebo o studium. V roce 2003 bylo na Památné slavnosti přes 42 000 přítomných, což byl víc než dvojnásobek počtu zvěstovatelů. Sjezdu v Jakartě se zúčastnilo skoro 10 000 lidí, včetně vysoce postaveného úředníka z ministerstva pro náboženské záležitosti. Když tento úředník viděl, jak si mladí i staří hledají verše v Bibli, silně to na něj zapůsobilo. Ujistil bratry, že udělá, co bude moct, aby vyvrátil dezinformace, které se o svědcích šíří.

Díky tomu, že zákaz skončil, se do Indonésie mohli vrátit misionáři, kteří v době zákazu sloužili jinde. Těmi prvními byli Josef a Herawati Neuhardtovi * (ze Šalomounových ostrovů), Esa a Wilhelmina Tarhonenovi (z Tchaj-wanu), Rainer a Felomena Teichmannovi (také z Tchaj-wanu) a Bill a Nena Perrieovi (z Japonska). Po nich přijeli noví absolventi Gileadu, kteří byli posláni na sever Sumatry, na Kalimantan, na sever Sulawesi a do dalších odlehlých oblastí.

 V roce 2005 pobočka zařídila, že se v Indonésii konaly dvě nové teokratické školy. Julianus Benig, jeden z instruktorů školy služebního vzdělávání (dnes škola pro zvěstovatele Království), vzpomíná: „Byl jsem moc rád, že můžu studentům pomáhat, aby rozvíjeli svoje učitelské a řečnické schopnosti a aby byli pro Boží organizaci ještě užitečnější.“ Mnozí absolventi této školy dnes slouží jako zvláštní průkopníci nebo krajští dozorci. První třídu školy pro cestující dozorce (dnes škola pro krajské dozorce a jejich manželky) tvořili většinou bratři, kteří s krajskou službou začali už během zákazu. Díky nové škole pak dokázali dobře plnit svoje úkoly i v době svobody. Ponco Pracoyo, jeden z absolventů první třídy, řekl: „Škola mi pomohla, abych se uměl víc vcítit do druhých a abych svoji úlohu krajského dozorce plnil ještě zodpovědněji. Bylo to pro mě velké osvěžení a motivace.“

Během 25 let zákazu se většina indonéských sborů scházela po malých skupinkách v domácnostech. Postavit sál Království si mohlo dovolit jen pár sborů a navíc bylo skoro nemožné získat stavební povolení. Když zákaz skončil, řada sborů se velmi rychle rozrůstala a místa, kde se konala shromáždění, často praskala ve švech. Pobočka proto zřídila úsek pro výstavbu sálů Království (dnes místní projekční a stavební oddělení), aby tuto situaci pomohl řešit.

Jednou z prvních oblastí, kde se stavební program rozběhl, byl ostrov Nias v provincii Severní Sumatra. Haogo’aro Gea, dlouholetý člen sboru v Gunungsitoli, řekl: „Když jsme se doslechli, že budeme mít nový sál Království, byli jsme nadšení. Pobočka k nám poslala sedm dobrovolníků, aby na průběh stavby dohlédli. Sál byl dokončen v roce 2001.“ Faonasökhi Laoli, který sloužil v místním stavebním výboru, vzpomíná: „Dřív jsme se scházeli po skupinkách v domácnostech a lidé z okolí se na nás dívali svrchu. Ale jakmile jsme dostavěli sál Království, průměrná účast na shromážděních stoupla z 20 na 40. A během pouhého jednoho roku vzrostla o víc než 500 procent. Náš sál je nejhezčí náboženskou budovou v okolí a sousedé si teď svědků Jehovových váží.“

V roce 2006 začali bratři v Bandungu na západě Jávy hledat pozemek pro stavbu prvního sálu Království v tomto městě. Singap Panjaitan, starší, který sloužil ve stavebním výboru, vypráví: „Najít vhodný pozemek trvalo 12 měsíců. Abychom ale dostali stavební povolení, potřebovali jsme, aby projekt schválilo nejméně  60 lidí ze sousedství, kteří nejsou svědkové. Nakonec jsme získali podporu od 76 sousedů, včetně jedné vlivné ženy, která byla ze začátku proti. Když byl sál hotový, pozvali jsme sousedy a starostu Bandungu na den otevřených dveří. Starosta prohlásil: ‚Tato čistá budova by měla být vzorem pro všechny ostatní církve.‘“ Dvoupodlažní sál Království byl zasvěcen v roce 2010.

Od roku 2001 bylo v Indonésii postaveno přes 100 sálů Království, ale stále je potřeba ještě mnoho dalších.