Im Jahr 1953 wurde Peter Vanderhaegen in Indonesien als Kreisaufseher eingesetzt. Der ihm zugeteilte Kreis erstreckte sich über das ganze Land: 5 100 km von Ost nach West und 1 800 km von Nord nach Süd. Beim Bearbeiten dieses riesigen Gebiets erlebte er oft Haarsträubendes.

Er reiste 1954 nach Ostindonesien, einem Gebiet mit einer großen religiösen Vielfalt: Bali, auf der viele Hindus leben, Lombok und Sumbawa mit einem überwiegend muslimischen Bevölkerungsanteil, Flores mit vielen Katholiken sowie Sumba, Alor und Timor, die hauptsächlich protestantisch geprägt sind. Mit einem klapprigen Boot fuhr er Richtung Kupang, der Hauptstadt von Westtimor. Auf dem Weg dorthin gab er auf mehreren Inseln ein kurzes Zeugnis. Bruder Vanderhaegen erzählt: „Ich predigte  zwei Wochen in Westtimor. Trotz des heftigen Regens war es mir möglich, meine ganze Literatur abzugeben. Außerdem konnte ich 34 Zeitschriftenabonnements abschließen und mehrere Bibelstudien beginnen.“ Sonderpioniere kümmerten sich weiter um die interessierten Personen und gründeten in Kupang eine Versammlung. Von dort breitete sich die gute Botschaft auf die Nachbarinseln Roti, Alor, Sumba und Flores aus.

Als protestantische Geistliche in Kupang mitbekamen, dass sich ihre Schäfchen in Gespräche mit Zeugen Jehovas einließen, tobten sie vor Eifersucht. Ein höherer Geistlicher befahl Thomas Tubulau, einem älteren Blechschmied mit nur einer Hand, sein Bibelstudium abzubrechen. Dann fügte er noch hinzu, es würde Blut fließen, wenn er nicht aufhöre, mit anderen über das Gelernte zu sprechen. Thomas erwiderte mutig: „So etwas würde kein Christ sagen. Mich werden Sie nie wieder in der Kirche sehen.“ Thomas wurde ein eifriger Königreichsverkündiger und seine Tochter eine Sonderpionierin.

Die Geistlichkeit von Westtimor war jedoch nach wie vor entschlossen, Jehovas Zeugen auszulöschen. 1961 gelang es ihr, das Religionsministerium und die Militärbehörden so unter Druck zu setzen, dass diese das Predigen von Haus zu Haus untersagten. Doch die Brüder passten ihre Predigtmethoden einfach an. Sie sprachen mit Menschen auf Märkten, an Brunnen, mit Fischern, die ihren Fang an den Strand brachten, und mit Familien, die auf dem Friedhof ihre Gräber pflegten. Nach einem Monat änderten die Militärbehörden ihre Meinung und gaben über Radio die Religionsfreiheit in Westtimor bekannt. Aber das Religionsministerium bestand weiter auf einem Verbot des Haus-zu-Haus-Dienstes. Die Brüder forderten die Beamten daher auf, dies schriftlich zu begründen.  Da sie sich weigerten, predigten die Brüder weiter ungehindert von Haus zu Haus.

Als die Missionare Piet und Nell de Jager sowie Hans und Susie van Vuure 1962 in Papua ankamen, spürten auch sie die Feindseligkeit der Geistlichkeit. Drei führende Kirchenmänner stellten sich den Missionaren entgegen und verlangten von ihnen, woanders zu predigen. Von der Kanzel, in der Presse und über Rundfunk beschuldigte die Geistlichkeit Jehovas Zeugen fälschlicherweise, sie würden gegen die Regierung Stimmung machen. Kirchenmitglieder, die mit den Missionaren die Bibel studierten, wurden überredet, damit aufzuhören, bedroht oder bestochen. Auch Stammesführer bedrängte man, sich dem Predigtwerk zu widersetzen.

Doch das Ganze ging wie ein Schuss nach hinten los. So lud ein Stammesführer die Missionare in sein Dorf ein. Hans berichtet: „Nachdem der Häuptling alle Dorfbewohner zusammengerufen hatte, hielten Piet und ich zwei kurze Reden und erklärten unsere Tätigkeit. Dann führten unsere Frauen vor, wie wir an die Tür klopfen, nach einer Einladung hineingehen und über eine kurze Aussage aus der Bibel sprechen. Der Häuptling und seine Leute reagierten positiv, und es wurde uns gestattet, weiter uneingeschränkt zu predigen.“

Diese und andere Ereignisse spielten sich immer wieder nach dem gleichen Muster ab. Selten behinderten Muslime die Predigttätigkeit; in den allermeisten Fällen steckte die Geistlichkeit der Christenheit dahinter. Das ist noch heute so.

Jesus sagte zu seinen Jüngern: „Ihr werdet vor Statthalter und Könige geschleppt werden um meinetwillen, ihnen und den Nationen zu einem Zeugnis“ (Mat.  10:18). Diese Worte haben sich in Indonesien oft bewahrheitet.

1960 veröffentlichte ein bekannter niederländischer Theologe in Jakarta ein Buch, das Jehovas Zeugen als falsche Christen denunzierte. Dieses Buch veranlasste viele Geistliche, gegen die Zeugen hart vorzugehen. Beispielsweise schrieben die Geistlichen einer Stadt an das Religionsministerium und beschuldigten die Zeugen, „ihre Kirchenmitglieder durcheinanderzubringen“. Die Beamten forderten die Brüder auf, zu den Vorwürfen Stellung zu nehmen. Daraufhin konnten sie die Fakten sachlich darlegen und ein gutes Zeugnis geben. Ein religiöser Beamter riet seinem Kollegen: „Lassen Sie Jehovas Zeugen in Ruhe. Sie wecken die schlafenden Protestanten auf.“

 Eine Gruppe protestantischer Geistlicher wollte die Tätigkeit von Jehovas Zeugen in Papua verbieten lassen und appellierte deshalb 1964 an den Ausschuss für religiöse und soziale Angelegenheiten. Daraufhin beantragte das Zweigbüro, vor dem Ausschuss etwas zu ihrer Verteidigung vorbringen zu dürfen. Tagor Hutasoit erzählt: „Wir sprachen fast eine Stunde vor dem Ausschuss und erklärten unser biblisches Bildungswerk. Ein protestantischer Politiker war uns nicht gut gesonnen und beschuldigte uns zu Unrecht, in Papua religiöse Unruhen zu schüren. Die meisten muslimischen Mitglieder des Ausschusses waren uns gegenüber aber wohlwollend eingestellt. Sie erklärten uns: ‚Die Verfassung garantiert Religionsfreiheit — also haben Sie auch das Recht zu predigen.‘ “ Nach dieser Sitzung verkündete ein hochrangiger Regierungsbeamter: „Die neue Regierung . . . hält an der Religionsfreiheit fest. Das schließt auch neue Religionen ein.“