Όταν οι ηγέτες των εκκλησιών του Χριστιανικού κόσμου έμαθαν ότι παραχωρήθηκε ελευθερία λατρείας στους Μάρτυρες του Ιεχωβά, αντέδρασαν έντονα. Εφτακόσιοι και πλέον κληρικοί και λαϊκοί με ηγετική θέση σε εφτά Προτεσταντικές εκκλησίες συνεδρίασαν στην Τζακάρτα για να πιέσουν την κυβέρνηση να επιβάλει ξανά την απαγόρευση. Η κυβέρνηση όμως κράτησε σταθερή θέση.

Καθώς τα νέα σχετικά με την άρση της απαγόρευσης διαδίδονταν σε όλη τη χώρα, πολλά ενδιαφερόμενα άτομα έγραψαν στο γραφείο τμήματος για να ζητήσουν έντυπα ή Γραφική μελέτη. Το 2003, οι παρόντες στην Ανάμνηση ξεπέρασαν τους 42.000—αριθμός υπερδιπλάσιος από το σύνολο των ευαγγελιζομένων στη χώρα. Σε μια συνέλευση στην Τζακάρτα παρευρέθηκαν σχεδόν 10.000 άτομα, ανάμεσά τους και ένας υψηλόβαθμος αξιωματούχος του Υπουργείου Θρησκευμάτων. Ο αξιωματούχος εντυπωσιάστηκε παρατηρώντας μικρούς και μεγάλους στο ακροατήριο να βρίσκουν τα εδάφια στη Γραφή τους. Διαβεβαίωσε μάλιστα τους αδελφούς πως θα έκανε ό,τι περνούσε από το χέρι του για να διορθώσει την παραπληροφόρηση που υπήρχε για τους Μάρτυρες του Ιεχωβά.

Επίσης, η λήξη της απαγόρευσης προλείανε το έδαφος για την επιστροφή ιεραποστόλων στην Ινδονησία. Οι πρώτοι που επέστρεψαν ήταν ο Γιόζεφ και η Χιραουάτι Νόιχαρτ * (από τα Νησιά Σολομώντος), ο Έσα και η Βιλχελμίνα Ταρχόνεν (από την Ταϊβάν), ο Ράινερ και η Φελομένα Τάικμαν (από την Ταϊβάν), καθώς και ο Μπιλ και η Νίνα Πέρι (από την Ιαπωνία). Ακολούθησαν και νέοι ιεραπόστολοι της Γαλαάδ οι οποίοι διορίστηκαν στη βόρεια Σουμάτρα, στο  Καλιμάνταν, στο βόρειο Σουλαβέσι και σε άλλες απομακρυσμένες περιοχές.

Το 2005, το γραφείο τμήματος οργάνωσε τάξεις για δύο νέες θεοκρατικές σχολές. Ένας από τους εκπαιδευτές της Σχολής Διακονικής Εκπαίδευσης (τώρα ονομάζεται Σχολή για Ευαγγελιστές της Βασιλείας), ο Τζουλιάνους Μπένιγκ, ανέφερε: «Μου άρεσε πολύ που βοήθησα τους σπουδαστές να βελτιωθούν ως δάσκαλοι και ομιλητές και έτσι να γίνουν ακόμα πιο χρήσιμοι στην οργάνωση». Πολλοί απόφοιτοι αυτής της σχολής υπηρετούν τώρα ως ειδικοί σκαπανείς ή επίσκοποι περιοχής. Οι περισσότεροι αδελφοί που παρακολούθησαν την πρώτη τάξη της Σχολής Περιοδευόντων Επισκόπων * αρχικά είχαν εκπαιδευτεί όταν το έργο βρισκόταν υπό απαγόρευση. Η νέα σχολή τούς βοήθησε δείχνοντάς τους πώς να επιτελούν τους διορισμούς τους μετά τη λήξη της απαγόρευσης. Ο Πόντσο Πρατσόγιο, απόφοιτος της πρώτης τάξης, είπε: «Η σχολή με  βοήθησε να είμαι πιο συμπονετικός και υπεύθυνος καθώς εκπληρώνω τον ρόλο μου ως επίσκοπος περιοχής. Με αναζωογόνησε και με υποκίνησε να κάνω περισσότερα!»

Στο διάστημα της 25ετούς απαγόρευσης, οι περισσότερες εκκλησίες συναθροίζονταν σε μικρά σπίτια. Ελάχιστες εκκλησίες είχαν την οικονομική δυνατότητα να χτίσουν Αίθουσα Βασιλείας, και ήταν σχεδόν ανέφικτο να εκδοθούν άδειες οικοδόμησης για νέους χώρους λατρείας. Το γραφείο τμήματος, βλέποντας πολλές εκκλησίες να γεμίζουν ασφυκτικά, δημιούργησε το Γραφείο Οικοδόμησης Αιθουσών Βασιλείας (τώρα ονομάζεται Τοπικό Τμήμα Σχεδιασμού/Οικοδόμησης) ώστε να ανταποκριθεί σε αυτή την επείγουσα ανάγκη.

Μια από τις πρώτες περιοχές που ωφελήθηκαν από το νέο οικοδομικό πρόγραμμα ήταν το νησί Νίας της βόρειας Σουμάτρας. Ο Χαουγκόαρο Γκέια, παλαίμαχο μέλος της εκκλησίας Γκουνούνγκ Σιτόλι, λέει: «Όταν ακούσαμε ότι θα αποκτήσουμε καινούρια Αίθουσα Βασιλείας, πετάξαμε από τη χαρά μας. Το γραφείο τμήματος έστειλε εφτά εθελοντές οικοδόμησης για να επιβλέψουν το έργο, και η αίθουσα ολοκληρώθηκε το 2001». Ο Φαουνασόκι Λαούλι, μέλος της τοπικής επιτροπής οικοδόμησης, αφηγείται: «Παλιότερα συναθροιζόμασταν σε μικρά σπίτια, και οι άνθρωποι της περιοχής περιφρονούσαν τους Μάρτυρες του Ιεχωβά. Μόλις όμως χτίσαμε την Αίθουσα Βασιλείας, ο μέσος όρος των παρόντων στις συναθροίσεις εκτοξεύτηκε από 20 σε 40. Μέσα σε 12 μήνες, είχαμε αύξηση πάνω από 500 τοις εκατό. Ο χώρος λατρείας μας είναι ο πιο ωραίος στην περιοχή, και οι άνθρωποι μας σέβονται».

Το 2006, οι αδελφοί άρχισαν να ψάχνουν οικόπεδο για να χτίσουν την πρώτη Αίθουσα Βασιλείας στο Μπάντουνγκ της δυτικής Ιάβας. Ο Σίνγκαπ Παντζέιταν, πρεσβύτερος που υπηρέτησε στην επιτροπή οικοδόμησης, αναφέρει: «Πέρασαν 12 μήνες μέχρι να βρούμε κατάλληλο οικόπεδο. Αλλά,  προκειμένου να μας δώσουν οι αρχές οικοδομική άδεια, χρειαζόταν να εγκρίνουν το έργο τουλάχιστον 60 γείτονες που δεν ήταν Μάρτυρες. Τελικά, 76 γείτονες υποστήριξαν το έργο, ανάμεσά τους και μία γυναίκα με μεγάλη επιρροή που αρχικά μας είχε εναντιωθεί. Όταν η αίθουσα ολοκληρώθηκε, προσκαλέσαμε τους γείτονές μας και τον δήμαρχο του Μπάντουνγκ για ξενάγηση. Ο δήμαρχος δήλωσε: “Αυτός ο καθαρός και περιποιημένος χώρος λατρείας αποτελεί πρότυπο για όλες τις υπόλοιπες εκκλησίες”». Η αφιέρωση της διώροφης Αίθουσας Βασιλείας έγινε το 2010.

Από το 2001, έχουν χτιστεί πάνω από 100 Αίθουσες Βασιλείας στην Ινδονησία, αλλά υπάρχει ανάγκη για πολύ περισσότερες.