Muinaisen Meedian pääkaupunki noin vuodesta 700 eaa. lähtien. Persian kuningas Kyyros II valtasi sen Meedian kuninkaalta Astyageelta, minkä jälkeen meedialaiset ja persialaiset yhdistivät joukkonsa Kyyroksen alaisuuteen. Raamatussa Ekbatanan kerrotaan olleen paikka, joka sijaitsi Meedian hallintoalueella Persian kuninkaan Dareios I:n (Hystaspeen) päivinä (Esr 6:1, 2).

Suomessa käytetään kaupungin nimestä muotoa ”Ekbatana” Esran 6:2:ssa. Nimen tämä muoto vastaa latinalaisen Vulgatan lukutapaa, ja se esiintyy myös kreikankielisessä apokryfisten kirjoitusten tekstissä, joka sisällytettiin Septuagintaan. Masoreettisessa tekstissä ja syyrialaisessa Pešittassa kaupungin nimi on kuitenkin ”Ahmeta”. Varhaiset kreikkalaiset kirjailijat näyttävät käyttäneen nimeä Ekbatana useista eri paikoista. Nykyään tutkijat ovat kuitenkin yleensä yhtä mieltä siitä, että Kyyroksen valloittama Ekbatana (joka siis mainitaan Esran 6:2:ssa) on nykyinen Hamadan-niminen kaupunki, Iranin merkittävä liike-elämän keskus, joka sijaitsee Alvandvuoren juurella, n. 290 km Teheranista länsilounaaseen. Muinainen Ekbatana oli tärkeä kaupunki Mesopotamiasta kauemmas itään kulkevan pääreitin varrella, ja myös nykyisen Hamadanin kautta kulkee useita teitä, esimerkiksi Bagdadista Teheraniin johtava tie.

Eräät Persian nimittämät virkamiehet asettivat Serubbabelin päivinä kyseenalaiseksi juutalaisten temppelin uudelleen rakentamisen laillisuuden ja lähettivät Persian kuninkaalle Dareios I:lle kirjeen, jossa pyydettiin vahvistusta sille, että Kyyros oli tosiaan säädöksellään valtuuttanut tuon uudelleen rakentamisen (Esr 5:1–17). Dareios tutkitutti asian, Kyyroksen säädös löydettiin Ekbatanasta ja se vahvisti temppelin uudelleenrakennustyön laillisuuden. Dareios antoi suoranaisen käskyn, että juutalaisten työn piti saada jatkua häiriöttä, ja heidän vastustajansa määrättiin jopa toimittamaan heille tarvikkeita, minkä he ”tekivät viipymättä”. ”Adarkuun kolmantena päivänä, nimittäin kuningas Dareioksen kuudentena hallitusvuonna” eli vuoden 515 eaa. kevään kynnyksellä temppeli saatiin lopulta valmiiksi. (Esr 6:6–15.)