Huomattava uskonnollinen juutalaislahko ensimmäisellä vuosisadalla. Joidenkin tutkijoiden mukaan nimen kirjaimellinen merkitys on ’erilleen asettuneet, eristäytyjät’, mikä viittaa ehkä siihen, että he välttivät epäpuhtautta palvontamenojen kannalta tai erottautuivat ei-juutalaisista. Sitä, milloin fariseuksia varsinaisesti alkoi olla, ei tiedetä tarkalleen. Juutalaisen historioitsijan Josefuksen kirjoituksista käy ilmi, että fariseukset muodostivat merkittävän ryhmän jo Johannes Hyrkanos I:n aikaan (toisen vuosisadan jälkipuoliskolla eaa.). Josefus kirjoitti: ”Heidän vaikutuksensa ihmisjoukkoihin on niin suuri, että silloinkin, kun he puhuvat kuningasta tai ylimmäistä pappia vastaan, heitä uskotaan viipymättä.” (Jewish Antiquities, XIII, 288 [x, 5].)

Josefus kertoo myös yksityiskohtia fariseusten uskonkäsityksistä. Hän toteaa: ”He uskovat, että sielut voivat jäädä eloon kuoleman jälkeen ja että maan alla on palkintoja ja rangaistuksia niille, jotka ovat viettäneet hyveellistä tai paheellista elämää: pahojen sielujen osa on ikuinen vankeus, kun taas hyvät sielut pääsevät vaivatta uuteen elämään.” (Jewish Antiquities, XVIII, 14 [i, 3].) ”He väittävät, että jokainen sielu on kuolematon mutta vain hyvien sielu pääsee toiseen ruumiiseen, kun taas jumalattomien sielut kärsivät ikuista rangaistusta.” Heidän kohtaloa tai sallimusta koskevista ajatuksistaan Josefus sanoo, että he ”ajattelevat kaiken johtuvan Kohtalosta ja Jumalasta; he katsovat, että oikein tai muulla tavoin toimiminen on todellakin enimmäkseen ihmisten harteilla mutta että myös Kohtalo vaikuttaa jokaiseen tekoon”. (The Jewish War, II, 162, 163 [viii, 14].)

Raamatun kreikkalaisista kirjoituksista ilmenee, että fariseukset paastosivat kaksi kertaa viikossa, maksoivat tunnontarkasti kymmenykset (Mt 9:14; Mr 2:18; Lu 5:33; 11:42; 18:11, 12) ja olivat eri mieltä saddukeusten kanssa, jotka sanoivat, ”ettei ole ylösnousemusta eikä enkeliä eikä henkeä” (Ap 23:8). He ylpeilivät siitä, että he olivat vanhurskaita (todellisuudessa omavanhurskaita), ja halveksivat tavallisia ihmisiä (Lu 18:11, 12; Joh 7:47–49). Tehdäkseen vaikutuksen toisiin vanhurskaudellaan fariseukset levensivät raamatunlauseita sisältävät kotelonsa, joita he käyttivät suojelusesineinä, ja he suurensivat vaatteittensa reunukset (Mt 23:5). He rakastivat rahaa (Lu 16:14) ja halusivat huomattavaa asemaa ja imartelevia arvonimiä (Mt 23:6, 7; Lu 11:43). Fariseukset sovelsivat Lakia ahdasmielisesti ja tekivät sen raskaaksi ihmisille vaatiessaan, että sitä piti noudattaa heidän käsitystensä ja perinteittensä mukaan (Mt 23:4). He kadottivat täysin näkyvistään tärkeät asiat, nimittäin oikeuden, armon, uskollisuuden ja rakkauden Jumalaan (Mt 23:23; Lu 11:41–44). Fariseukset näkivät paljon vaivaa tehdäkseen käännynnäisiä (Mt 23:15).

Pääkysymyksiä, joista he kiistelivät Kristuksen Jeesuksen kanssa, olivat sapatin vietto (Mt 12:1, 2; Mr 2:23, 24; Lu 6:1, 2), perinteiden noudattaminen (Mt 15:1, 2; Mr 7:1–5) ja seurustelu syntisten ja veronkantajien kanssa (Mt 9:11; Mr 2:16; Lu 5:30). Ilmeisesti fariseukset ajattelivat, että kanssakäyminen sellaisten ihmisten kanssa, jotka eivät noudattaneet Lakia heidän näkemyksensä mukaisesti, saastutti heidät (Lu 7:36–39). Sen vuoksi he paheksuivat sitä, että Kristus Jeesus seurusteli ja jopa söi syntisten ja veronkantajien kanssa (Lu 15:1, 2). Fariseukset moittivat Jeesusta ja hänen opetuslapsiaan siitä, etteivät nämä pesseet käsiään perinteiden mukaisesti (Mt 15:1, 2; Mr 7: 1–5; Lu 11:37, 38). Jeesus paljasti kuitenkin heidän väärän järkeilynsä ja osoitti, että he rikkoivat Jumalan lakia pitäessään kiinni ihmistekoisista perinteistä (Mt 15:3–11; Mr 7:6–15; Lu 11:39–44). Sen sijaan että fariseukset olisivat iloinneet ja kirkastaneet Jumalaa, kun Kristus Jeesus ihmeen välityksellä paransi ihmisiä sapattina, he raivostuivat, koska he pitivät sitä sapattilain rikkomisena, ja siksi he punoivat juonia Jeesuksen tappamiseksi (Mt 12:9–14; Mr 3:1–6; Lu 6:7–11; 14:1–6). He sanoivat Jeesuksesta eräälle sokealle miehelle, jonka Jeesus oli parantanut sapattina: ”Ei tämä ole ihminen Jumalan luota, sillä hän ei noudata sapattia.” (Joh 9:16.)

Fariseusten asenne osoitti, etteivät he olleet vanhurskaita ja puhtaita sisimmässään (Mt 5:20; 23:26). Muiden juutalaisten tavoin hekin tarvitsivat katumusta (vrt. Mt 3:7, 8; Lu 7:30). Useimmat heistä halusivat kuitenkin pysyä hengellisesti sokeina (Joh 9:40) ja vastustivat Jumalan Poikaa yhä ponnekkaammin (Mt 21:45, 46; Joh 7:32; 11:43–53, 57). Jotkut fariseukset väittivät väärin, että Jeesus ajoi ulos demoneja demonien hallitsijan avulla (Mt 9:34; 12:24) ja että hän oli väärä todistaja (Joh 8:13). Toiset fariseukset yrittivät pelotella Jumalan Poikaa (Lu 13:31), vaativat, että hän näyttäisi heille jonkin tunnusmerkin (Mt 12:38; 16:1; Mr 8:11), yrittivät saada hänet ansaan hänen puheestaan (Mt 22:15; Mr 12:13; Lu 11:53, 54) ja pyrkivät muutenkin koettelemaan häntä esittämällä kysymyksiä (Mt 19:3; 22:34–36; Mr 10:2; Lu 17:20). Lopulta Jeesus vaiensi heidät kysymällä, miten oli mahdollista, että Daavidin herra oli myös Daavidin poika (Mt 22:41–46). Väkijoukkoon, joka myöhemmin otti Jeesuksen kiinni Getsemanen puutarhassa, kuului myös fariseuksia (Joh 18:3–5, 12, 13), ja fariseuksia oli myös niiden joukossa, jotka vaativat Pilatusta varmistamaan Jeesuksen haudan, jotta ruumista ei olisi voitu varastaa (Mt 27:62–64).

Kristuksen Jeesuksen maanpäällisen palveluksen aikaan fariseuksilla oli niin suuri vaikutusvalta, että huomattavat ihmiset eivät uskaltaneet tunnustaa häntä julkisesti (Joh 12:42, 43). Yksi näistä pelokkaista oli ilmeisesti Nikodemos, joka oli itsekin fariseus (Joh 3:1, 2; 7:47–52; 19:39). On ehkä ollut myös fariseuksia, jotka eivät olleet katkeria vastustajia tai joista tuli myöhemmin kristittyjä. Esimerkiksi Gamaliel-niminen fariseus neuvoi olemaan puuttumatta kristittyjen työhön (Ap 5:34–39), ja tarsolaisesta fariseuksesta Saulista (Paavalista) tuli Jeesuksen Kristuksen apostoli (Ap 26:5; Fil 3:5).