Kreikkalaisessa Septuagintassa käytetään vaihdellen kahta sanaa ek·klē·siʹa ’kansankokous’ tai ’seurakunta’ ja sy·na·gō·gēʹ ’yhteen tuominen’. Sana ”synagoga” alkoi lopulta tarkoittaa paikkaa tai rakennusta, jossa kokoonnuttiin. Se ei kuitenkaan menettänyt täysin alkuperäistä merkitystään, sillä ”suuri synagoga” ei tarkoittanut suurta rakennusta vaan sellaista huomattavien oppineiden kokousta, jonka ansioksi luetaan Raamatun heprealaisten kirjoitusten kaanonin määrittäminen Palestiinan juutalaisia varten. Sen sanotaan saaneen alkunsa Esran tai Nehemian päivinä ja olleen olemassa aina suuren sanhedrinin aikaan asti, n. 200-luvulle eaa. Jaakob käyttää tuota sanaa kristillisestä kokouksesta eli julkisesta kokoontumisesta (Ja 2:2).

Ilmestyksen 2:9:ssä ja 3:9:ssä ”synagoga” tarkoittaa Saatanan vallassa olevaa yhteisöä. Lisäksi puhutaan ”Vapautettujen synagogasta” (Ap 6:9; ks. VAPAUTETTU, VAPAA).

Ei tiedetä tarkkaan, milloin synagogia alettiin perustaa, mutta vaikuttaa siltä, että se tapahtui 70 vuotta kestäneen Babylonin pakkosiirtolaisuuden aikana, jolloin ei ollut olemassa temppeliä, tai pian pakkosiirtolaisuudesta paluun jälkeen pappi Esran korostettua voimakkaasti Lain tuntemuksen tarpeellisuutta.

Jeesuksen Kristuksen maanpäällisen palveluksen  aikaan Palestiinassa oli kaikenkokoisilla kaupungeilla oma synagogansa ja suuremmissa kaupungeissa oli useampia kuin yksi. Jerusalemissa oli monta synagogaa. Raamatussa kerrotaan jopa erään Rooman armeijan upseerin rakennuttaneen juutalaisille synagogan (Lu 7:2, 5, 9). Parhaita tähän mennessä löydettyjä synagogan raunioita on kaivettu esiin Tell Humissa (Kefar Nahum), joka on muinaisen Kapernaumin todennäköinen sijaintipaikka. Tuossa rakennuksessa oli alun perin kaksi kerrosta. Tutkijoiden arviot tämän synagogan rakennusajasta vaihtelevat 100-luvun loppupuolelta 400-luvun alkupuolelle. Itse rakennus oli tehty aikaisemman, ensimmäiseltä vuosisadalta peräisin olevan synagogan paikalle. Tuo aikaisempi synagoga, josta osa kaivettiin esiin äskettäin, oli 24,2 m pitkä ja 18,5 m leveä.

Yksi muinaisten synagogien tehtävä oli Raamatun kirjakääröjen säilytys. Alkujaan oli ilmeisesti tapana säilyttää kirjakääröjä turvallisuussyistä joko päärakennuksen ulkopuolella tai erillisessä huoneessa. Lopulta niitä alettiin pitää kannettavassa arkussa, joka asetettiin paikoilleen palvontamenojen aikana. Myöhemmissä synagogissa tuosta arkusta tuli itse rakennuksen arkkitehtoninen yksityiskohta ja se rakennettiin jonkin seinän sisään tai sen viereen. Arkun lähellä, seurakuntaa vastapäätä sijaitsivat synagogan esimiesten ja arvovieraiden istumapaikat (Mt 23:6). Lakia luettiin korokkeelta, joka perinteisesti sijaitsi synagogan keskellä. Sen kolmella sivulla oli istumapaikkoja tai penkkejä yleisöä varten ja mahdollisesti myös erillinen osasto naisille. Rakennuksen suuntaa pidettiin nähtävästi tärkeänä, sillä palvojat koetettiin asettaa kasvot Jerusalemiin päin (vrt. Da 6:10).

Palvontaohjelma. Synagoga oli opetuspaikka, siellä ei esitetty uhreja. Uhraaminen tapahtui vain temppelissä. Synagogan ohjelmaan näyttävät kuuluneen ylistys, rukous, Raamatun tapahtumista kertominen, Raamatun lukeminen ja selittäminen sekä kehottaminen tai saarnaaminen. Ylistämiseen liittyivät läheisesti Psalmit. Vaikka rukoukset otettiin jossain määrin Raamatusta, niistä tuli ajan mittaan pitkiä ja rituaalinomaisia, ja usein niitä esitettiin näön vuoksi tai vaikutuksen tekemiseksi (Mr 12:40; Lu 20:47).

Yhtenä osana synagogassa suoritettuun palvontaan kuului šeman lausuminen; šemaa voidaan pitää juutalaisten uskontunnustuksena. Se sai nimensä ensimmäisenä käytetyn raamatunkohdan ensimmäisestä sanasta: ”Kuuntele [šemaʽʹ], oi Israel: Jehova, meidän Jumalamme, on yksi Jehova.” (5Mo 6:4.) Menojen tärkein osa oli Tooran eli Pentateukin lukeminen, joka tapahtui maanantaisin, torstaisin ja jokaisena sapattina. Monissa synagogissa Laki oli suunniteltu luettavaksi läpi yhdessä vuodessa, joissakin paikoissa tuo lukuohjelma kesti kolme vuotta. Koska Tooran lukemista korostettiin, opetuslapsi Jaakob saattoi sopivasti sanoa Jerusalemissa toimineen hallintoelimen jäsenille: ”Muinaisista ajoista asti Mooseksella on ollut kaupungissa toisensa jälkeen niitä, jotka saarnaavat häntä, koska häntä luetaan ääneen synagogissa jokaisena sapattina.” (Ap 15:21.) Mišna (Megillah 4:1, 2) viittaa myös tapaan lukea otteita profeetoista, ns. haftarasta, ja selittää kukin luettu osuus. Kun Jeesus meni kotikaupunkinsa Nasaretin synagogaan, hänelle ojennettiin luettavaksi kirjakäärö, joka sisälsi luettavan haftaran, ja luettuaan sen hän selitti lukemansa, niin kuin oli tapana (Lu 4:17–21).

Tooran ja haftaran lukemisen sekä niiden selittämisen jälkeen seurasi saarnaaminen tai kehottaminen. Voimme lukea, että Jeesus opetti ja saarnasi synagogissa kautta koko Galilean. Luukas kertoo myös, että Paavalia ja Barnabasta pyydettiin puhumaan, saarnaamaan, nimenomaan ”Lain ja Profeettojen julkisen lukemisen jälkeen”. (Mt 4:23; Ap 13:15, 16.)

Paavalin saarnaaminen. Vuoden 33 helluntain ja kristillisen seurakunnan perustamisen jälkeen apostolit, varsinkin Paavali, saarnasivat paljon synagogissa. Saavuttuaan johonkin kaupunkiin Paavali meni tavallisesti ensin synagogaan ja saarnasi siellä ja antoi siten juutalaisille ensimmäisinä tilaisuuden kuulla Valtakunnan hyvää uutista, minkä jälkeen hän meni pakanoiden luo. Toisinaan hän käytti synagogassa huomattavasti aikaa saarnatessaan siellä useina sapatteina. Efesoksessa hän opetti synagogassa kolme kuukautta, ja kun häntä ruvettiin vastustamaan, hän vei uskovat opetuslapset mukanaan ja käytti parin vuoden ajan Tyrannoksen koulun luentosalia. (Ap 13:14; 17:1, 2, 10, 17; 18:4, 19; 19:8–10.)

Paavali ei käyttänyt juutalaisten synagogia kristillisen seurakunnan kokouspaikkoina. Hän ei myöskään järjestänyt kokouksia sunnuntaisin, sillä hän saarnasi juutalaisille heidän sapattinaan, joka oli lauantai, koska he olivat koolla tuona päivänä.

Kristillisiä samankaltaisuuksia. Ensimmäisten juutalaiskristittyjen ei ollut vaikea  organisoida järjestyksellisiä, opettavaisia kokouksia, joissa tutkittiin Raamattua, sillä he olivat saaneet niihin perusmallin heille tutuista synagogista. Samankaltaisuuksia on useita. Juutalaisessa synagogassa ei ollut – kuten ei kristillisessä seurakunnassakaan – erillistä papistoa, joka olisi hoitanut lähes kaiken puhumisen. Synagogassa jokainen harras juutalainen saattoi lukea ja selittää. Kristillisessä seurakunnassa kaikkien tuli antaa julkinen julistus sekä kannustaa rakkauteen ja hyviin tekoihin, mutta järjestystä noudattaen (Hpr 10:23–25). Juutalaisessa synagogassa naiset eivät opettaneet eivätkä vallinneet miehiä, eivätkä he tehneet niin myöskään kristillisessä seurakunnassa. 1. Korinttilaiskirjeen 14. luvussa annetaan ohjeita kristillisen seurakunnan kokouksista, ja niiden käytännön voidaan nähdä olleen hyvin samantapainen kuin synagogissa. (1Ko 14:31–35; 1Ti 2:11, 12.)

Synagogissa oli omat esimiehensä ja valvojansa kuten varhaiskristillisissä seurakunnissakin (Mr 5:22; Lu 13:14; Ap 20:28; Ro 12:8). Synagogissa oli palvelijoita tai apulaisia, ja sellaisia käytettiin myös kristittyjen harjoittamassa palvonnassa. Oli myös olemassa ns. synagogan lähetti eli sanansaattaja. Vaikka vastaavaa henkilöä ei löydy varhaiskristillisen seurakunnan historiasta, samantapaista ilmausta ”enkeli” on käytetty sanomissa, jotka Jeesus Kristus lähetti Vähän-Aasian seitsemälle seurakunnalle. (Lu 4:20; 1Ti 3:8–10; Il 2:1, 8, 12, 18; 3:1, 7, 14.)

Synagoga toimi kristillisten seurakuntien edelläkävijänä myös mm. seuraavilla tavoilla: Paikalliset synagogat tunnustivat Jerusalemissa toimivan sanhedrinin auktoriteetin samoin kuin kristilliset seurakunnat tunnustivat Jerusalemissa toimivan hallintoelimen vallan, kuten Apostolien tekojen 15. luku selvästi osoittaa. Kummissakaan ei kerätty kolehtia, mutta molemmissa oli mahdollisuus antaa lahjoituksia seurakunnan ja sen palvelijoiden sekä köyhien tukemiseksi (2Ko 9:1–5).

Molemmat toimivat myös tuomioistuimina. Synagogassa kuultiin ja käsiteltiin juutalaisten vähäisempiä oikeusjuttuja, ja apostoli Paavali sanoi, että myös kristittyjen tuli antaa seurakunnan kypsien miesten tuomita kristittyjen välisiä asioita sen sijaan, että nämä olisivat menneet ratkomaan erimielisyyksiään maallisiin tuomioistuimiin (1Ko 6:1–3). Synagogat saattoivat määrätä raippoja, mutta kristillisessä seurakunnassa vastaavana rangaistuksena olivat nuhteet. Ankarin rangaistus, joka kristillisessä seurakunnassa voitiin antaa jollekulle kristityksi tunnustautuvalle, oli seurakunnasta poistaminen eli erottaminen (1Ko 5:1–8, 11–13), ja sama piti paikkansa synagogaan kuuluvista juutalaisista. (Ks. EROTTAMINEN; SEURAKUNTA.)

Jeesus ennusti, että hänen seuraajiaan ruoskittaisiin synagogissa (Mt 10:17; 23:34; Mr 13:9) ja että heidät poistettaisiin, erotettaisiin niistä (Joh 16:2). Jotkut juutalaisista hallitusmiehistä uskoivat Jeesukseen, mutta he eivät tunnustaneet häntä, koska he pelkäsivät juutalaisesta seurakunnasta erottamista (Joh 12:42). Juutalaiset heittivät erään miehen, jonka Jeesus oli parantanut synnynnäisestä sokeudesta, ulos synagogasta, koska hän todisti Jeesuksen puolesta (Joh 9:1, 34).