יוסף מעיר את מרים משנתה כדי למסור לה הודעה דחופה.‏ זה עתה נראה אליו מלאך יהוה בחלום ואמר לו:‏ ”‏קום,‏ קח את הילד ואת אמו וברח למצרים,‏ והישאר שם עד אשר אומר לך לחזור,‏ כי הורדוס מתכוון לחפש את הילד כדי להרגו”‏ (‏מתי ב׳:‏13‏)‏.‏

מבלי להתמהמה נמלטים יוסף,‏ מרים ובנם בחסות החשיכה.‏ הם עושים זאת בדיוק בזמן כיוון שאז מתחוור להורדוס שהאסטרולוגים הערימו עליו.‏ הוא אמר להם לחזור ולדווח לו על ממצאיהם,‏ אלא שהם יצאו חזרה לארצם ולא עשו כדברו.‏ הורדוס מתמלא זעם.‏ מטרתו להרוג את ישוע עומדת בעינה והוא מצווה להרוג את כל הילדים הזכרים מבני שנתיים ומטה בבית לחם ובסביבותיה.‏ הוא חישב את הגיל הזה על סמך מה שסיפרו לו האסטרולוגים שבאו מן המזרח.‏

טבח הבנים הוא דבר מחריד!‏ איננו יודעים כמה ילדים נרצחו,‏ אך הבכי וזעקות השבר של האמהות השכולות מגשימים נבואה שמסר ירמיהו,‏ נביא אלוהים (‏ירמיהו ל״א:‏15‏)‏.‏

בינתיים נמלטו יוסף ומשפחתו למצרים,‏ ושם הם מתגוררים.‏ ואז באחד הלילות שוב נראה אל יוסף מלאך יהוה בחלום.‏ ”‏קום,‏ קח את הילד ואת אמו”‏,‏ אומר המלאך,‏ ”‏ולך לארץ ישראל,‏ כי מתו המבקשים את נפש הילד”‏ (‏מתי ב׳:‏20‏)‏.‏ אם כן,‏ יוסף מבין כעת שמשפחתו יכולה לחזור למולדתה.‏ כך מתגשמת נבואה נוספת — אלוהים קורא לבנו ממצרים (‏הושע י״א:‏1‏)‏.‏

ככל הנראה יוסף מתכוון להתיישב עם משפחתו ביהודה,‏ אולי בקרבת בית לחם,‏ שבה התגוררו לפני שברחו למצרים.‏ אבל אז נודע לו שאַרְכֵלָאוֹס,‏ בנו המרושע של הורדוס,‏ מולך כעת ביהודה.‏ בחלום אחר מזהיר יהוה את יוסף מפני הסכנה.‏ לכן יוסף ומשפחתו עוברים צפונה לעיר נצרת שבגליל,‏ הרחק ממרכז חיי הדת היהודיים.‏ זו הסביבה שבה גדל ישוע,‏ מה שמגשים נבואה נוספת:‏ ”‏נצרתי ייקרא הוא”‏ (‏מתי ב׳:‏23‏)‏.‏