לאחר בניית חומות ירושלים מחדש,‏ נחמיה מתמודד עם קושי נוסף.‏ עם הזמן,‏ מצבו הרוחני של העם הידרדר.‏ לכן יחד עם עזרא ומלאכי,‏ הוא מתחיל להשיב את עבודת אלוהים הטהורה על כנה.‏