MEĐU ljubiteljima povijesti i ljudima koji se bave izučavanjem Biblije Whiston je naročito poznat po tome što je na engleski jezik preveo zapise Josipa Flavija, židovskog povjesničara iz 1. stoljeća. Djela Josipa Flavija otkrivaju nam mnogo toga o židovskoj povijesti i životu prvih kršćana.

Whiston je bio uman čovjek koji je duboko razmišljao o mnogim temama. Posebno su ga zanimale znanost i religija. Vjerovao je da je biblijski izvještaj o stvaranju točan. Smatrao je kako složenost, ljepota i savršeni red koji zapažamo u svijetu oko sebe jasno upućuju na zaključak da postoji Bog koji je sve to stvorio.

Pored toga, držao je da su se kršćanske crkve razdijelile na mnogo zasebnih religija, vjerskih zajednica i kojekakvih sljedbi zato što je njihovo svećenstvo zastranilo od izvornog kršćanskog nauka te prigrlilo nebiblijska učenja i predaje koje se temelje na zaključcima crkvenih sabora i gledištima takozvanih crkvenih otaca.

Budući da je Whiston bio uvjeren kako je u Bibliji zapisana prava istina o Bogu, odbacio je crkveno učenje da se duše zlih vječno muče u paklu. Smatrao je da je to učenje besmisleno i okrutno te da nanosi sramotu Bogu jer ga prikazuje u potpuno krivom svjetlu. No njegov odnos s crkvenim vrhom naročito se zaoštrio zbog toga što je odbacio nauk o Trojstvu, koji kaže da se Bog objavio ljudima u trima “jednako moćnim” i “jednako vječnim” božanskim osobama — Ocu, Sinu i Duhu Svetome.  Prema tom nauku, vjernici ne ispovijedaju tri boga, već štuju jednog jedinog Boga.

Nakon pomnog istraživanja Whiston je zaključio da prvi kršćani nisu vjerovali u Trojstvo, već da je to učenje usvojeno kasnije, kad se u kršćanski nauk uvukla poganska filozofija. * Premda su ga prijatelji upozoravali na opasnosti kojima bi se izložio kad bi objavio svoje zaključke, Whiston naprosto nije mogao zanemariti spoznaje do kojih je došao. Bio je uvjeren da Isus nije jedna od božanskih osoba Trojstva, već Božji Sin i Božje stvorenje.

U to vrijeme na Sveučilištu u Cambridgeu nije mogao predavati nitko tko je zastupao ideje protivne nauku Anglikanske crkve, što znači da je Whiston zbog svojih gledišta mogao izgubiti posao. No on nije htio šutjeti — za razliku od Newtona, koji je također smatrao da nauk o Trojstvu nema uporište u Bibliji, ali nije otvoreno izražavao svoje mišljenje. Whiston je napisao: “Nikakvi ovozemaljski razlozi neće me odvratiti od moje nakane.”

Godine 1710. Whiston je bio izbačen s Cambridgea. Zbog toga što nije želio pogaziti svoja uvjerenja taj je ugledni akademik postao izopćenik kojem su svi okrenuli leđa. No čak ni tada nije ustuknuo od straha. U vrijeme kad su ga optuživali za krivovjerje napisao je nekoliko radova u kojima se bavio temom obnove iskonskog kršćanstva. Whiston je kasnije osnovao i udruženje koje se zalagalo za povratak iskonskim korijenima kršćanstva. Sa svojim se istomišljenicima sastajao u svom domu u Londonu.

Iako je izgubio posao te je neko vrijeme živio u neimaštini, nastavio je objavljivati stručne radove i držati predavanja u londonskim kavanama. Želeći pomoći ljudima da bolje razumiju vrijeme u kojem su živjeli prvi kršćani, godine 1737. objavio je prijevod djela Josipa Flavija. Njegov cijenjeni prijevod do danas je doživio brojna izdanja te se još uvijek tiska.

Zato što je odvažno zastupao svoja uvjerenja, koja su se protivila općeprihvaćenim gledištima njegovih suvremenika, Whistona i dan-danas mnogi smatraju “čudakom koji je sve radio na svoju ruku”, napisao je James Force, autor jedne knjige koja govori o životu i djelu Williama Whistona. No ima i onih koji ga poštuju zbog njegovog nastojanja da pronikne u dubinu Božje Riječi, Biblije, i da spozna pravu istinu o Bogu. Cijene ga zbog toga što je nepokolebljivo zastupao svoja uvjerenja i živio po njima.