Kad su čelnici kršćanskih crkava čuli da su Jehovini svjedoci dobili pravo na slobodu vjeroispovijedi, bilo im je strašno krivo zbog toga. Preko 700 svećenika i uglednih članova sedam protestantskih crkava održalo je u Jakarti zajednički seminar na kojem su raspravljali o tome kako navesti državne vlasti da ponovno zabrane naše djelovanje. No vlasti nisu htjele promijeniti svoju odluku.

Vijest o ukidanju zabrane uskoro se proširila po cijeloj zemlji, pa su u podružnicu počela stizati brojna pisma u kojima su zainteresirane osobe tražile literaturu ili biblijski tečaj. Godine 2003. obilježavanju Kristove smrti prisustvovalo je preko 42 000 osoba, što je broj koji je za više od dva puta premašio broj objavitelja u zemlji. Jednom kongresu koji je bio održan u Jakarti prisustvovalo je gotovo 10 000 ljudi, među kojima je bio i jedan visoki dužnosnik iz Ministarstva za vjerska pitanja. Taj se čovjek zadivio kad je vidio kako mladi i stari pažljivo prate program te u svojim Biblijama traže navedene retke. Obećao je braći kako će učiniti sve što može da stane na kraj zabludama o Jehovinim svjedocima i da istina o nama iziđe na vidjelo.

Ukidanje zabrane ujedno je omogućilo da se u zemlju vrate misionari. Prvi misionari koji su se vratili u Indoneziju bili su Josef i Herawati Neuhardt * (sa Solomonskih Otoka), Esa i Wilhelmina Tarhonen (s Tajvana), Rainer i Felomena Teichmann (s Tajvana) te Bill i Nena Perrie (iz Japana). Nakon njih došli su još neki misionari koji su završili Gilead. Oni su bili poslani da propovijedaju  u pokrajinama Sjevernoj Sumatri, Kalimantanu i Sjevernom Sulawesiju te u nekim drugim udaljenim područjima.

Godine 2005. podružnica je određenom broju braće omogućila dodatno teokratsko obrazovanje. Naime, organizirala je dvije nove teokratske škole, odnosno tečaja. Brat Julianus Benig, jedan od nastavnika u Školi za organizacijsko osposobljavanje (danas Tečaj za objavitelje Kraljevstva), kazao je: “Bilo mi je pravo zadovoljstvo pomagati braći da poboljšaju svoje umijeće poučavanja i govorničke vještine te da još bolje služe u Božjoj organizaciji.” Mnoga braća koja su završila tu školu danas služe kao specijalni pioniri ili pokrajinski nadglednici. Većina braće koja su pohađala prvi razred Tečaja za putujuće nadglednike (danas Tečaj za pokrajinske nadglednike i njihove supruge) prošla je svojevrsnu obuku još za vrijeme zabrane. Novi tečaj pomogao im je da nakon ukidanja zabrane kvalitetno izvršavaju svoju službu. Ponco Pracoyo, koji je pohađao prvi razred Tečaja za putujuće nadglednike, izjavio je: “Tečaj mi je  pomogao da postanem suosjećajniji i da još odgovornije izvršavam sve zadatke koje imam kao pokrajinski nadglednik. Pohađanje tog tečaja jako me ohrabrilo i potaknulo da se još više trudim u službi.”

Tijekom zabrane koja je trajala 25 godina većina skupština u Indoneziji održavala je sastanke u malim prostorijama u domovima braće. Malo je koja skupština imala dovoljno novca za gradnju dvorane. Osim toga, bilo je gotovo nemoguće ishoditi potrebne dozvole za gradnju takvih objekata. No mnoge su skupštine naglo rasle, pa im je trebalo što prije osigurati odgovarajuća mjesta za održavanje sastanaka. Stoga je u podružnici bio osnovan Odjel za gradnju dvorana, koji se danas naziva Područni odjel za projektiranje i gradnju.

Jedna od prvih dvorana koje su sagrađene u sklopu novog građevinskog programa nalazi se na otoku Niasu, nedaleko od zapadne obale Sumatre. “Bili smo presretni kad smo čuli da ćemo dobiti novu dvoranu”, kaže Haogo’aro Gea, dugogodišnji član skupštine u Gunungsitoliju. “Podružnica je poslala sedmoricu volontera iz graditeljskog tima da nadgledaju čitav projekt. Dvorana je bila završena 2001.” Faonasökhi Laoli, član tamošnjeg odbora za gradnju, ispričao je: “Prije smo se sastajali u malim kućama i stanovima, pa su drugi ljudi s omalovažavanjem gledali na nas. No kad smo dovršili dvoranu, prosječan broj prisutnih na našim sastancima odmah je skočio s 20 na 40. U samo godinu dana porastao je za više od 500 posto. Naša je dvorana najljepši vjerski objekt u našem kraju. Sada naši susjedi cijene Jehovine svjedoke.”

Braća su 2006. počela tražiti zemljište na kojem bi sagradila prvu dvoranu u gradu Bandungu, na zapadu Jave. “Trebalo nam je godinu dana da pronađemo odgovarajuću parcelu”, kaže Singap Panjaitan, starješina koji je bio član  odbora za gradnju te dvorane. “Da bi nam nadležni organi izdali građevinsku dozvolu, trebali smo dobiti suglasnost najmanje 60 susjeda koji nisu Jehovini svjedoci. Na koncu nam je suglasnost za izgradnju dvorane dalo čak 76 susjeda, među kojima je bila i jedna utjecajna žena koja nam se isprva protivila. Kad je dvorana bila završena, organizirali smo dan otvorenih vrata te smo pozvali sve susjede i gradonačelnika Bandunga da dođu razgledati dvoranu. Gradonačelnik je rekao: ‘Ovaj čist i uredan vjerski objekt služi za uzor svim drugim vjerskim zajednicama.’” Dvoetažna dvorana svečano je otvorena 2010. godine.

Od 2001. u Indoneziji je izgrađeno preko 100 dvorana, no još uvijek je potrebno mnogo novih.