Amikor a keresztény egyházak vezetői tudomást szereztek arról, hogy Jehova Tanúi szabadon gyakorolhatják a vallásukat, nagyon felbőszültek. Hét protestáns egyházból 700-nál is több pap és egyházi tisztségviselő szemináriumot tartott Jakartában, hogy rávegye a kormányt a betiltás visszaállítására. De a kormány nem engedett nekik.

Országszerte elterjedt a hír, hogy a betiltást feloldották, és rengeteg érdeklődő írt a fiókhivatalnak. Kiadványokat és bibliatanulmányozást kértek. 2003-ban 42 000-nél is többen vettek részt az emlékünnepen, ez az országban szolgáló hírnököknek több mint a kétszerese volt. Egy jakartai kongresszuson közel 10 000-en voltak jelen, köztük a vallásügyi minisztérium egyik magas rangú tisztviselője. Nagy hatással volt rá, hogy fiatalok és idősek egyaránt kikeresik a bibliaverseket a saját Bibliájukból. Megígérte a testvéreknek, hogy mindent megtesz azért, hogy megcáfolja a Jehova Tanúiról alkotott téves elképzeléseket.

A vallásszabadságunk visszanyerése lehetővé tette, hogy a misszionáriusok visszatérjenek Indonéziába. Josef és Herawati Neuhardt * (a Salamon-szigetekről), Esa és Wilhelmina Tarhonen (Tajvanról), Rainer és Felomena Teichmann (Tajvanról), valamint Bill és Nena Perrie (Japánból) az elsők között jöttek vissza. Azután további misszionáriusok érkeztek, akik nemrég  végeztek a Gileádon, és Észak-Szumátrába, Kalimantanra, Észak-Celebeszbe és más távoli helyekre szólt a megbízatásuk.

2005-ben a fiókhivatal két új iskolát szervezett. A szolgálati kiképzőiskola (ma királysághirdetők iskolája) egyik oktatója, Julianus Benig ezt mondta: „Nagyon élveztem, hogy segíthettem a tanulóknak abban, hogy ügyesebb tanítóvá és szónokká váljanak, és még hatékonyabban tudják támogatni a szervezetet.” Sok tanuló ma különleges úttörőként vagy körzetfelvigyázóként szolgál. Az utazófelvigyázó-iskola * első osztályának tanulói közül sokan még a betiltás idején kaptak képzést. Ez az új iskola segítette őket, hogy a betiltás után is jól ellássák a megbízatásukat. Ponco Pracoyo, aki az első osztályban vett részt, ezt mondta:  „Az iskola után együtt érzőbb lettem, és most már felelősségteljesebben látom el a feladatomat mint körzetfelvigyázó. Annyira felüdítő és ösztönző volt!”

A 25 éves betiltás alatt Indonéziában főként magánotthonokban tartották meg az összejöveteleket. Kevés gyülekezet engedhette meg magának, hogy királyságtermet építsen, és szinte lehetetlen volt engedélyt szerezni új imádati hely építésére. De mivel ugrásszerűen nőtt a gyülekezetek száma, a fiókhivatal létrehozott egy királyságterem-építési osztályt (ma helyi tervezési és kivitelezési osztály).

Az észak-szumátrai Nias szigetén kezdték el az új építési programot. Haogo’aro Gea, aki régóta szolgál a Gunungsitoli Gyülekezetben, ezt mondta: „Azt sem tudtuk, hová legyünk örömünkben, amikor megtudtuk, hogy lesz új királyságtermünk. A fiókhivatal hét önkéntest bízott meg az építkezés felvigyázásával. A terem 2001-ben készült el.” Faonasökhi Laoli, a helyi építési bizottság egyik tagja, ezt mondta: „Korábban kis lakásokban gyűltünk össze, ezért lenéztek minket az emberek. De miután elkészült a termünk, a jelenlevők átlagos létszáma 20-ról 40-re ugrott, egy éven belül pedig több mint az ötszörösére. A környéken ez a legszebb imádati hely, és most már mindenki tiszteli Jehova Tanúit.”

2006-ban a bandungi (Nyugat-Jáva) testvérek telket kerestek, hogy felépítsék az első királyságtermet a városban. Az építési bizottságban szolgáló egyik vén, Singap Panjaitan ezt mondta: „Egy év telt el, mire találtunk megfelelő telket, de még szükség volt legalább  60, környéken lakó beleegyezésére, hogy a hatóságok megadják az építési engedélyt. 76-an támogatták az építkezést, köztük egy befolyásos hölgy, aki előtte ellenséges volt velünk. A terem elkészülte után nyílt napot szerveztünk, ahova meghívtuk a környékbelieket, és a polgármestert is. Így nyilatkozott: »Ez a tiszta és rendezett imádati hely példaértékű a többi egyház számára.«” A kétszintes királyságtermet 2010-ben adták át.

2001 óta több mint 100 királyságterem épült Indonéziában, és még többre van szükség.