Eleinte a kánaánitáknak egy fontosabb, megerősített városa volt, amely stratégiailag jó helyen feküdt, mivel ellenőrzés alatt tartotta Jezréel völgyének a bejáratát a Jordán völgye felől. Neve Beiszán nevében maradt fenn, az ókori várost azonban egy Tell-el-Husznhoz (Tel-Bét-Seánhoz) közeli hellyel azonosítják. Bét-Seán környéke kb. 120 m-rel van a tengerszint alatt, K felé pedig meredeken lejt, és a kb. 5 km-rel távolabb lévő Jordán partjánál eléri a mintegy 275 m-es tengerszint alatti mélységet. Mivel Bét-Seán ennek a lejtőnek a tetején egy nagy dombra épült, ezért katonai szempontból kiváló helyzetben volt. Bét-Seántól Ny-ra a sík völgy, amelyen keresztül folyik a Dzsalúd folyó (Nahal-Harod), jól öntözött, és bőven termő, és szép lassan emelkedik, míg el nem éri Jezréelt, amely kb. 17 km-re Ny-ÉNy-ra fekszik.

Bét-Seán azon a kedvelt útvonalon feküdt, amelyen a Földközi-tengertől a Jordán völgyéig,  majd onnan Damaszkuszba vagy Arábiába lehetett eljutni.

A Bét-Seánnál végzett ásatások során számos, ókori romokat tartalmazó réteget találtak, amelyek közül a legrégebbi nyilvánvalóan az Ábrahám napjait megelőző időre tehető (ÁBRA: 1. köt. 959. o.). A jelek szerint Bét-Seán i. e. a II. évezred közepe táján egyiptomi uralom alá került, miután III. Thotmesz győzelmet aratott Megiddónál. A régészeti bizonyítékok arra mutatnak, hogy Bét-Seán több fáraó uralma idején is egyiptomi előőrs volt.

Az izraeliták Kánaánban folytatott hódító hadjáratai idején (i. e. 1473 – kb. 1467) Bét-Seán az Issakárnak kiutalt területen feküdt, de Manassé törzse kapta meg (Jzs 17:11; 1Kr 7:29). Manassé fiai nem űzték el a kánaánitákat Bét-Seánból és a völgyben lévő más városokból sem. Ezt azzal magyarázták, hogy a kánaániták vaspengékkel felszerelt harci szekereikkel előnyös katonai helyzetben voltak, ám ez az érv nem elégítette ki a vezérüket, Józsuét. A kánaánitákat ugyan nem űzték el, de végül kényszermunkára fogták őket (Jzs 17:12, 13, 16–18; Bí 1:27, 28).

Saul király uralma idején Bét-Seán a filiszteusok kezében volt, és miután Saul vereséget szenvedett a szomszédos Gilboa-hegyen, a győztes filiszteusok Saul fegyverzetét elhelyezték „Astóret képmásainak házában”, a fejét odaerősítették Dágon házára, Saulnak és fiainak a holttestét pedig Bét-Sán (Bét-Seán) falára, nyilván a belső felére, amely a város közterére nézett. Jábes-Gileádból való bátor és vakmerő izraeliták a Jordán túloldaláról, úgy 20 km-es távolságból elmentek, hogy elvigyék a holttesteket, amit vélhetően úgy tudtak megtenni, hogy éjjel bejutottak a városba (1Sá 31:8–13; 2Sá 21:12; 1Kr 10:8–12).

A fenti beszámolóval összhangban a tell-el-huszni ásatások során két templom romjaira bukkantak. Vannak, akik úgy vélik, hogy ezek közül az egyik Astóret temploma lehetett. A másikról pedig, amely délebbre helyezkedett el, némelyek azt tartják, hogy Dágon temploma volt. Úgy becsülik, hogy Astóret templomát kb. i. e. a X. századig használták. A bizonyítékok arra mutatnak, hogy egy Baál istenséget még ennél is korábban imádtak, ugyanis az egyik sztélé a következőket írja: „Mekal, a nagy isten, Bét-Seán ura [Baálja]”.

Az izraeliták végül legyőzték a várost, nyilván Dávid idejében. Salamon uralma idején pedig Bét-Seán azon 12 körzet egyikéhez tartozott, amely a király háznépének az élelmezéséért volt felelős (1Ki 4:12). A királyság kettészakadása után Sisák fáraó (az egyiptomiak Sesonknak nevezték) Roboám király uralkodásának az ötödik évében (i. e. 993-ban) betört Palesztina területére (1Ki 14:25). Egyiptomban a karnaki templom falán van egy dombormű,  amely Sisák győzedelmes hadjáratát, és több város, köztük Bét-Seán felett aratott győzelmét ábrázolja.

A Makkabeusok idejére Bét-Seán nevét Szküthopoliszra (Skythopolisra) változtatták, és a zsidó történetíró, Josephus elmondása alapján Dekapolisz legnagyobb városa volt (A zsidó háború. III. könyv, IX. fej., 7. bek.). Ez volt az egyetlen város a tíz közül, amelyik a Jordán ny. oldalán feküdt.