I. e. kb. 700-tól az ókori Média fővárosa. A perzsa király, II. Círusz a méd királytól, Asztüagésztól foglalta el, és ezután a médek és a perzsák egyesítették seregüket Círusz vezetése alatt. A Szentírás azt mondja Ekbatánáról, hogy Média tartományában volt I. Dáriusz (Dareiosz Hüsztaszpész) perzsa király idejében (Ezs 6:1, 2).

’Ekbatána’ a magyar neve ennek a városnak az Ezsdrás 6:2 szerint. A névnek ez a formája megegyezik a latin Vulgata olvasatával, és megtalálható azoknak az apokrif iratoknak a görög szövegében is, amelyeket később bevettek a Septuagintába. A maszoréta szöveg és a szír Pesitta azonban így adja vissza ezt a nevet: „Akhméta”. Az ókori görög írók alighanem több helységet is neveztek Ekbatánának. De a tudósok ma általában egyetértenek abban, hogy az az Ekbatána, amelyet Círusz elfoglalt (és amelyről az Ezs 6:2 említést tesz), a mai Hamadán városa, Irán egy fontos kereskedelmi központja, amely a Teherántól kb. 290 km-re Ny-DNy-ra fekvő Alvand-hegy lábánál helyezkedik el. Ahogy az ókori Ekbatána fontos város volt a főút mentén, amely összekötötte Mezopotámiát a keletebbre lévő pontokkal, ugyanígy a modern Hamadánt is számos út keresztezi, ilyen például az is, amely Bagdadból Teheránba visz.

Amikor Zorobábel idejében bizonyos, perzsák által kinevezett tisztviselők megkérdőjelezték, hogy törvényesen építik-e újjá a zsidók a templomot, ezek az ellenszegülők levelet küldtek Perzsia királyának, I. Dáriusznak, kérve őt, hogy erősítse meg, hogy volt-e Círusznak olyan rendelete, amely felhatalmazást adott az újjáépítésre (Ezs 5:1–17). Dáriusz meghagyta, hogy nézzenek ennek utána, és Círusz rendeletét meg is találták Ekbatánában, ami aztán igazolta, hogy a templom újjáépítése törvényes. Sőt, Dáriusz parancsot adott ki, hogy a zsidókat ne  akadályozzák a munkájuk folytatásában, és még azt is meghagyta, hogy az ellenszegülők gondoskodjanak a szükséges anyagokról, mire ők „azonnal úgy [is] cselekedtek”. A templomot végül „adár holdhónap harmadik napjára, Dáriusz király uralkodásának hatodik évében”, vagyis i. e. 515 tavasza tájára elkészítették (Ezs 6:6–15).