A görög Septuaginta az ek·klé·sziʹa (’közösség’ v. ’gyülekezet’) és a szü·na·gó·géʹ (egybehozás) szavakat egymással rokon értelemben használja. Idővel a „zsinagóga” szó már a gyülekezés helyére vagy épületére utalt, de eredeti értelmét sem veszítette el teljesen, mert a Nagy Zsinagóga nem valamiféle nagy épület volt, hanem neves tudósok gyülekezete,  akiknek azt az érdemet tulajdonítják, hogy megállapították a Héber Iratok kánonját a palesztinai zsidók számára. Ez az intézmény állítólag Ezsdrás vagy Nehémiás napjaiban kezdett működni, és egészen a Nagy Szanhedrin idejéig létezett, kb. az i. e. III. századig. Jakab keresztény összejövetel vagy nyilvános egybegyűlés értelemben használja ezt a szót (Jk 2:2).

A Jelenések 2:9-ben és 3:9-ben a ’zsinagóga’ kifejezés Sátán uralma alatt álló közösséget jelöl. Olvashatunk még a ’Felszabadítottak zsinagógájáról’ is (Cs 6:9; lásd: FELSZABADÍTOTTAK, SZABADOK).

Hogy mikor jöttek létre a zsinagógák, nem tudni pontosan, de úgy tűnik, hogy a 70 éves babiloni száműzetés idején, amikor már nem volt templomuk a zsidóknak. Az is lehet, hogy ez röviddel a száműzetésből való visszatérésük után történt, miután Ezsdrás pap olyannyira hangsúlyozta a Törvény ismeretének szükségességét.

Jézus Krisztus földi szolgálata idején Palesztinában a városok nagyságától függetlenül minden városban volt zsinagóga, a nagyobbakban egynél több is. Jeruzsálemben sok zsinagóga épült. A Szentírás még egy olyan zsinagógát is említ, amelyet egy római katonatiszt építtetett a zsidóknak (Lk 7:2, 5, 9). Eddig az egyik legjobb állapotban fennmaradt romos zsinagógát az ókori Kapernaum valószínűsíthető helyén, Tell-Humban (Kefar-Náhum) tárták fel. Az épület eredetileg egyemeletes volt, és az eltérő szakértői véleményeket figyelembe véve az i. sz. II. század vége és V. század eleje között épülhetett, ott, ahol egy régebbi zsinagóga is volt már az i. sz. I. századból. Ez a régebbi zsinagóga, amelynek egy részét feltárták, 24,2 m hosszú és 18,5 m széles volt.

Az ókori zsinagógák egyik sajátossága az volt, hogy külön helyen tárolták az Írások tekercseit. Kezdetben nyilvánvalóan az volt a szokás, hogy biztonsági okokból a főépületen kívül vagy egy különálló helyiségben tartották a tekercseket. Végül egy hordozható ládába vagy „frigyládába” kerültek, amelyet az imádat bemutatásakor megfelelőképpen elhelyeztek. A későbbi időkben maga a láda is a zsinagógák építészeti jellegzetességévé vált, mert vagy beépítették az egyik falba, vagy a falhoz helyezték. A láda közelében, a gyülekezettel szemközt volt a zsinagógai elöljárók és a különleges vendégek ülőhelye (Mt 23:6). A Törvény olvasása egy emelvényről hangzott el, amely hagyományosan a zsinagóga közepén helyezkedett el. Ezt három oldalról ülőhelyek vagy padok vették körül, amelyek a hallgatóságnak voltak fenntartva; a nőknek feltehetően el volt különítve egy rész. Az épület tájolását láthatólag fontosnak tartották, hogy Isten imádói Jeruzsálem felé nézzenek. (Vö.: Dá 6:10.)

Az imádat bemutatása: A zsinagóga az oktatás helyéül szolgált. Áldozatokat itt nem ajánlottak fel, csak a templomban. A zsinagógai szertartás nyilván magában foglalta, hogy dicsérték Istent és imádkoztak, részleteket mondtak el és felolvastak az Írásokból, továbbá magyarázattal és buzdítással szolgáltak vagy prédikációt tartottak. A dicséretekben fontos szerepet töltött be a Zsoltárok könyve. Bár az imák részben az Írásokból származtak, idővel hosszúra nyúltak és rituális jelleget öltöttek. Gyakran csak a látszat kedvéért vagy hatáskeltés miatt hangzottak el (Mk 12:40; Lk 20:47).

A zsinagógában bemutatott imádat egyik eleme a sema elmondása volt. A sema a zsidó hitvallásnak tekinthető. Neve az elsőként használt írásszöveg első szavából ered: „Halld [semaʽʹ], ó, Izrael: Jehova, a mi Istenünk e g y Jehova” (5Mó 6:4). Az istentisztelet legfontosabb része a Tóra, vagyis a Pentateuchus olvasása volt, amire hétfőn, csütörtökön és sabbatonként került sor. Sok zsinagógában a Törvény teljes elolvasására egyéves ütemtervet készítettek, máshol azonban három évig tartott az olvasási program. Mivel a Tóra olvasása kiemelten fontos volt, Jakab tanítvány joggal mondhatta a jeruzsálemi vezető testület tagjainak: „Mózesnek a hajdani idők óta megvannak városonként a prédikálói, hiszen a zsinagógákban minden sabbaton fennhangon olvassák őt” (Cs 15:21). A Misna azt a szokást is megemlíti, hogy részleteket olvastak fel a Prófétákból, az úgynevezett haftárákból, és mindegyikhez magyarázatot fűztek (Megilla 4:1, 2). Amikor Jézus a városában, Názáretben bement a zsinagógába, átnyújtottak neki egy tekercset, amely a felolvasandó haftárákat tartalmazta, ő pedig a felolvasott részt a szokásokhoz híven megmagyarázta (Lk 4:17–21).

A Tórából és a haftárákból való felolvasást és a szöveg megmagyarázását prédikáció vagy buzdítás követte. Arról is olvashatunk, hogy Jézus egész Galileában tanított és prédikált a zsinagógákban. Ugyanígy Lukács is arról számol be, hogy Pált és Barnabást „a Törvény és a Próféták nyilvános felolvasása után” kérték meg arra, hogy beszéljenek, prédikáljanak (Mt 4:23; Cs 13:15, 16).

Pál prédikálása: I. sz. 33 pünkösdje és a keresztény gyülekezet megalapítása után az apostolok – főleg Pál – sokat prédikáltak zsinagógákban. Megérkezve egy városba, Pál általában előbb a zsinagógába ment prédikálni, hogy először a zsidók hallhassák a Királyság jó hírét, és  csak utána hirdette azt a nem zsidóknak. Olykor jelentős időt töltött egy-egy zsinagógában, és több sabbaton át is prédikált ezekben. Efézusban három hónapig tanított a zsinagógában, de miután ellenállásba ütközött, magával vitte a hívő tanítványokat, és mintegy két évig Tirannusz iskolájának előadótermében jöttek össze (Cs 13:14; 17:1, 2, 10, 17; 18:4, 19; 19:8–10).

Pál nem használta keresztény gyülekezeti összejövetelek helyéül a zsidók zsinagógáit. Vasárnapi összejöveteleket sem tartott, hiszen a zsidóknak a szombatnak megfelelő zsidó sabbaton prédikált, ők ugyanis ezen a napon gyűltek egybe.

Hasonlóságok a keresztényeknél: Az első zsidó keresztényeknek nem volt nehéz rendezett és tanító jellegű összejöveteleket tartani a Biblia tanulmányozása céljából, mert az általuk jól ismert zsinagógák alapvető mintául szolgáltak. Sok hasonlóságot fedezhetünk fel. A zsidó zsinagógában nem volt külön papság – mint ahogy a keresztény gyülekezetben sincs –, hogy úgyszólván mindig csak annak tagjai beszéljenek. A zsinagógában bármelyik istenfélő zsidó részt vehetett a felolvasásban és az írásszövegek megmagyarázásában. A keresztény gyülekezetben is mindenkinek nyilvános kijelentést kellett tennie, szeretetre és jó cselekedetekre ösztönözve másokat, éspedig rendezett módon (Héb 10:23–25). A nők a zsidó zsinagógában nem tanítottak, illetve nem gyakoroltak hatalmat a férfiak felett, miként a keresztény közösségben sem. A korintusziaknak írt első levél 14. fejezete útmutatást ad a keresztény gyülekezet összejöveteleire vonatkozóan, és a leírtak láthatólag nagyon hasonlítottak a zsinagógai gyakorlathoz (1Ko 14:31–35; 1Ti 2:11, 12).

A zsinagógáknak megvoltak az elöljárói és felvigyázói, miként a korai keresztény gyülekezeteknek is (Mk 5:22; Lk 13:14; Cs 20:28; Ró 12:8). A szolgálattevők vagy segítők éppúgy rendelkezésre álltak a zsinagógákban, mint ahogy a keresztények között is az ő imádati formájukban. Ezenkívül a zsinagógának volt egy úgynevezett küldöttje vagy követe is, és bár a korai keresztény gyülekezetről szóló történelmi feljegyzések nem írnak ennek pontos megfelelőjéről, a hozzá hasonló ’angyal’ kifejezés megjelenik Jézus Krisztus üzeneteiben, amelyeket a hét kis-ázsiai gyülekezetnek küldött (Lk 4:20; 1Ti 3:8–10; Je 2:1, 8, 12, 18; 3:1, 7, 14).

A zsinagóga más vonatkozásokban is elődje volt a keresztény közösségeknek. Például a helyi zsinagógák elismerték a jeruzsálemi szanhedrin hatalmát, mint ahogy a keresztény gyülekezetek is elismerték a jeruzsálemi vezető testület hatalmát, ami egyértelműen látható a Cselekedetek könyve 15. fejezetéből. Sem egyikben, sem másikban nem rendeztek gyűjtést, de mindkét helyen támogatni lehetett adományokkal a közösséget, annak szolgáit és a szegényeket (2Ko 9:1–5).

Törvényszékként is működött mindkettő. A zsidók kisebb jelentőségű ügyeit a zsinagógában hallgatták meg, és ott intézkedtek. Ugyanígy Pál apostol amellett érvelt a keresztényeknek, hogy az őket érintő ügyek megítélését bízzák a gyülekezet érett tagjaira, és ne a világi törvényszékek előtt rendezzék az ilyen nézetkülönbségeket (1Ko 6:1–3). Bár a zsinagógák korbácsolást is elrendelhettek, a keresztény gyülekezetben az effajta büntetés a dorgálásra korlátozódott. A legsúlyosabb büntetés, amelyet a keresztény gyülekezetben ki lehetett szabni egy magát kereszténynek valló személyre, a gyülekezetből való kiközösítés vagy kizárás volt. Ugyanígy volt ez a zsidók esetében is a zsinagógában (1Ko 5:1–8, 11–13; lásd: GYÜLEKEZET; KIZÁRÁS).

Jézus arról jövendölt, hogy a követőit meg fogják korbácsolni a zsinagógákban (Mt 10:17; 23:34; Mk 13:9), és kizárják, kiközösítik őket (Jn 16:2). Egyes zsidó elöljárók hittek Jézusban, de nem vallották meg őt, mert féltek, hogy kizárják őket a zsidó gyülekezetből (Jn 12:42). Egy férfit, akit Jézus kigyógyított a veleszületett vakságból, a zsidók kidobtak, mert Jézus mellett tanúskodott (Jn 9:1, 34).