HVA slags forhold hadde Trujillo til den katolske kirke? En politisk kommentator uttalte: «I den lange Trujillo-perioden, 1930–1961, gav kirke og stat i Den dominikanske republikk hverandre gjensidig støtte; diktatoren favoriserte kirken, og til gjengjeld støttet kirken hans regime.»

I 1954 reiste Trujillo til Roma og undertegnet et konkordat med paven. Germán Ornes, som en gang var Trujillos betrodde rådgiver, skrev: «Siden den dominikanske kirke i så overveldende grad er Trujillo-vennlig, har [den] vært til stor støtte for ‘El Jefe’ [‘Sjefen’, Trujillo]. Presteskapet, under ledelse av erkebiskopene Ricardo Pittini og Octavio Beras, er blant regimets fremste støttespillere.»

«Ved enhver passende anledning sender paven hjertelige hilsener til Trujillo», fortalte Ornes videre. «Under den kongressen for katolsk kultur som ble holdt i Ciudad  Trujillo i 1956, med støtte fra Trujillo, hadde kardinal Francis Spellman, pavens spesielle representant, med seg et varmt og hjertelig budskap. Kardinal Spellman kom reisende fra New York og ble tatt imot med pomp og prakt av generalissimus Trujillo i egen høye person. Bilder av de to som omfavnet hverandre varmt, stod på førstesiden i alle dominikanske aviser neste dag.»

I 1960 skrev bladet Time: «Fram til nå har Trujillo og kirken kommet godt overens. Erkebiskop Ricardo Pittini, kirkens primas på de amerikanske kontinentene, er nå 83 år og blind. Men for fire år siden skrev han under på et brev til The New York Times hvor han hyllet Trujillo og sa at ‘denne «diktatoren» er elsket og æret av sitt folk’.»

Men da det politiske klimaet begynte å endre seg, skiftet den katolske kirke holdning etter å ha støttet Trujillos brutale diktatur i 30 år. «Etter hvert som motstanden mot diktaturet vokste, og senere, da det ble forsøkt å innføre demokrati i landet, ble kirken, som lenge hadde stått på svært vennskapelig fot med Trujillo, tvunget til å forandre standpunkt», sier kommentatoren.

I 2011 måtte kirken til slutt komme med en beklagelse overfor det dominikanske folk. I et hyrdebrev som ble gjengitt i avisen Dominican Today, stod det: «Vi erkjenner at vi har begått våre feil, og at vi ikke alltid har vært tro mot sannheten, vårt kall og vårt ansvar. Av den grunn ber vi om tilgivelse og bønnfaller om forståelse og overbærenhet fra alle dominikanere.»