Na początku roku 1942 siły zbrojne Japonii przetoczyły się przez Indonezję i uchwyciły ją w żelazny uścisk. Wielu braci zmuszono do ciężkiej pracy przy budowie dróg lub czyszczeniu rowów. Innych więziono w obozach w tragicznych warunkach i torturowano za odmowę popierania wojny. Wskutek tego co najmniej trzech braci zmarło.

Johanna Harp, siostra holenderskiego pochodzenia mieszkająca w górskiej wiosce w Jawie Wschodniej, przez pierwsze dwa lata wojny zdołała uniknąć uwięzienia. Razem z trojgiem nastoletnich dzieci wykorzystywała wolność, żeby z języka angielskiego na holenderski tłumaczyć  książkę Zbawienie i wydania Strażnicy *. Przetłumaczone publikacje były powielane i potajemnie dostarczane współwyznawcom na całej Jawie.

Nieliczni Świadkowie, którzy wciąż pozostawali na wolności, spotykali się w małych grupach i ostrożnie głosili. „Zawsze wypatrywałam okazji, żeby nieoficjalnie rozmawiać o prawdzie” — opowiadała Josephine Elias (z domu Tan). „Gdy szłam do zainteresowanych, brałam ze sobą szachy, by inni myśleli, że po prostu sobie gramy”. Felix Tan i jego żona Bola głosili od drzwi do drzwi pod pretekstem sprzedawania mydła. Brat ten wspominał: „Często śledzili nas agenci Kempeitai, budzącej grozę japońskiej żandarmerii. Aby nie ściągać na siebie podejrzeń, osoby studiujące Biblię odwiedzaliśmy o różnych porach. Sześcioro z nich zrobiło piękne postępy i jeszcze w czasie wojny zostało ochrzczonych”.

Gdy bracia przystosowali się już do ciężkich warunków wojennych, musieli stawić czoła kolejnej poważnej próbie. Japońskie władze nakazały cudzoziemcom (również mającym chińsko-indonezyjskie korzenie) zarejestrować się i wyrobić dowód tożsamości, na którym widniała deklaracja wierności wobec imperium japońskiego. Wielu Świadków zastanawiało się: „Czy powinniśmy się zarejestrować i podpisać ten dokument, czy raczej odmówić?”.

Felix Tan wyjaśniał, co się wtedy działo: „Bracia w Dżakarcie nakłaniali nas, mieszkających w Sukabumi, żebyśmy nie podpisywali dowodu. Ale zapytaliśmy urzędników, czy moglibyśmy zmienić treść deklaracji na dokumencie — zamiast: ‚Niżej podpisany przysięga pozostawać wierny...’  zaproponowaliśmy: ‚Niżej podpisany nie będzie utrudniał działań’ japońskiej armii. Ku naszemu zaskoczeniu władze wyraziły zgodę, dlatego przyjęliśmy te dokumenty. Gdy bracia w Dżakarcie usłyszeli o naszej decyzji, uznali nas za odstępców i zerwali z nami kontakt”.

To smutne, ale większość braci z Dżakarty mająca radykalne poglądy została aresztowana i wyrzekła się prawdy. Pewien chrześcijanin, który nie przyjął tamtego dokumentu, znalazł się w więzieniu razem z André Eliasem. André opowiadał później: „Przedyskutowałem z nim kwestię rejestracji i pomogłem mu spojrzeć na to w bardziej zrównoważony sposób. Pokornie przeprosił, że się od nas odciął. W tamtym okresie nawzajem się umacnialiśmy, ale niestety brat ten zmarł z powodu ciężkich warunków panujących w więzieniu”.

Kiedy w 1945 roku wojna się skończyła, bracia i siostry gorliwie zaangażowali się w głoszenie. Jeden ze Świadków, którzy przetrwali uwięzienie i tortury, napisał do Biura  Oddziału w Australii: „Po czterech długich, wyczerpujących latach znowu tu działam. Pozostałem niezłomny i zachowałem to samo nastawienie. Podczas wszystkich ciężkich przeżyć nigdy nie zapomniałem o braciach. Czy moglibyście przysłać mi jakieś książki?”.

Długo wyczekiwana literatura wkrótce dotarła, najpierw w niewielkiej ilości, a później w większych przesyłkach. Dziesięcioosobowa grupa głosicieli w Dżakarcie wznowiła tłumaczenie publikacji na język indonezyjski.

17 sierpnia 1945 roku przywódcy indonezyjskiego ruchu niepodległościowego ogłosili, że Indonezja jest niezależną republiką. Było to początek czteroletniej rewolucji przeciw holenderskim rządom kolonialnym. Chaos, jaki wtedy zapanował, pociągnął za sobą dziesiątki tysięcy ofiar, a ponad siedem milionów ludzi wysiedlono.

Przez cały ten okres bracia nieprzerwanie głosili od domu do domu. Josephine Elias wspominała: „Patrioci usiłowali zmusić nas do wykrzykiwania hasła Merdeka! (Wolność!). Ale my tłumaczyliśmy, że w sprawach politycznych zachowujemy neutralność”. W roku 1949 Holendrzy po wieloletniej dominacji kolonialnej uznali suwerenność Republiki Stanów Zjednoczonych Indonezji (obecnie Republika Indonezji) *.

Świadkowie Jehowy w Indonezji do roku 1950, a zatem niemal przez 10 lat, znosili trudności wywołane różnymi konfliktami. Ale czekał ich ogrom pracy. W jaki sposób dotrą z dobrą nowiną do milionów mieszkańców tego kraju? Z ludzkiego punktu widzenia wydawało się to niemożliwe. Jednak bracia z wiarą parli naprzód, ufni, że Jehowa ‛wyśle pracowników na swe żniwo’ (Mat. 9:38). I Jehowa rzeczywiście to uczynił!