Gdy o wolności religijnej przyznanej Świadkom Jehowy dowiedzieli się przywódcy kościołów chrześcijaństwa, podnieśli lament. Ponad 700 pastorów i działaczy kościelnych z siedmiu wyznań protestanckich zorganizowało w Dżakarcie seminarium, którego celem było nakłonienie rządu do przywrócenia zakazu. Ale rząd się nie ugiął.

Informacja o zniesieniu zakazu rozeszła się po kraju i wielu ludzi napisało do Biura Oddziału z prośbą o literaturę lub studium biblijne. W roku 2003 na Pamiątkę przybyło ponad 42 000 osób — przeszło dwa razy więcej niż wynosiła wtedy liczba głosicieli w Indonezji. Ze zgromadzenia w Dżakarcie skorzystało blisko 10 000 osób, w tym wysoki rangą urzędnik z Ministerstwa do spraw Religii. Człowiek ten był zachwycony, widząc młodszych i starszych uczestników odszukujących cytowane wersety w swoich egzemplarzach Biblii. Zapewnił braci, że zamierza prostować błędne poglądy na temat Świadków Jehowy.

Uchylenie zakazu umożliwiło również powrót misjonarzy do Indonezji. Wśród pierwszych powracających byli Josef i Herawati Neuhardtowie * (z Wysp Salomona), Esa i Wilhelmina Tarhonenowie (z Tajwanu), Rainer i Felomena Teichmannowie (z Tajwanu) oraz Bill i Nena Perrie (z Japonii). Później przybyli nowi misjonarze po Szkole Gilead i zostali skierowani do Sumatry Północnej, Kalimantanu, Celebesu Północnego oraz innych rejonów.

 W roku 2005 Biuro Oddziału wdrożyło dwa nowe teokratyczne szkolenia. Julianus Benig, jeden z wykładowców Kursu Usługiwania (obecnie Kurs dla Ewangelizatorów Królestwa), tak się wypowiedział: „Ogromną radość sprawiało mi pomaganie studentom, by ulepszali umiejętność nauczania i przemawiania oraz by stawali się jeszcze bardziej przydatni w organizacji”. Wielu absolwentów tego kursu usługuje w charakterze pionierów specjalnych lub nadzorców obwodów. Większość braci, którzy ukończyli pierwszą klasę Kursu dla Nadzorców Podróżujących (obecnie Kurs dla Nadzorców Obwodów i Ich Żon), wcześniej była szkolona podczas zakazu. Nowy kurs pomógł im wypełniać zadania, gdy nastała wolność. Ponco Pracoyo, absolwent tej pierwszej klasy, wyznał: „Dzięki kursowi nauczyłem się w większej mierze przejawiać empatię i z większą odpowiedzialnością podchodzić do swoich  obowiązków nadzorcy obwodu. To szkolenie było pokrzepiające i pobudzające do działania”.

Podczas 25 lat zakazu większość indonezyjskich zborów organizowała chrześcijańskie zebrania w niewielkich domach prywatnych. Jedynie nieliczne zbory było stać na wzniesienie Sali Królestwa, a zdobycie pozwolenia na budowę takiego obiektu graniczyło z cudem. W związku z tym, że wiele zborów wręcz pękało w szwach i pilnie potrzeba było miejsc wielbienia, Biuro Oddziału powołało Sekcję Budowy Sal Królestwa (obecnie Lokalny Dział Projektowo-Budowlany).

Jednym z pierwszych terenów, które miały skorzystać z nowego programu budowlanego, była wyspa Nias w prowincji Sumatra Północna. „Gdy usłyszeliśmy, że będziemy mieć nową Salę Królestwa, byliśmy przeszczęśliwi” — opowiada Haogo’aro Gea, długoletni członek zboru w Gunungsitoli. „Do nadzorowania tego przedsięwzięcia Biuro Oddziału przysłało siedmiu ochotników budowlanych i w roku 2001 Salę ukończono”. Faonasökhi Laoli, który należał do komitetu budowy, relacjonuje: „Wcześniej spotykaliśmy się w małych domach prywatnych, dlatego ludzie patrzyli na Świadków z góry. Ale gdy oddaliśmy do użytku Salę Królestwa, średnia obecnych na zebraniach podskoczyła z 20 do 40. A w ciągu 12 miesięcy wzrosła o ponad 500 procent. Nasze miejsce wielbienia Boga jest najładniejszym obiektem w okolicy i Świadkowie Jehowy cieszą się szacunkiem”.

W roku 2006 w Bandungu w Jawie Zachodniej bracia zaczęli szukać działki pod budowę pierwszej Sali Królestwa w tym mieście. Singap Panjaitan, starszy należący wtedy do komitetu budowy, mówi: „Po 12 miesiącach znaleźliśmy odpowiednią działkę, ale żeby władze wydały  pozwolenie na budowę, potrzebowaliśmy zgody co najmniej 60 sąsiadów niebędących Świadkami. Zyskaliśmy poparcie 76 osób, w tym pewnej wpływowej kobiety, która początkowo była nam przeciwna. Gdy prace dobiegły końca, zaprosiliśmy sąsiadów oraz burmistrza Bandungu na zwiedzanie obiektu. Burmistrz oświadczył: ‚Wasze czyste i godne miejsce wielbienia Boga wyznacza standardy, które powinno się naśladować we wszystkich kościołach’”. Ta piętrowa Sala została oddana do użytku w roku 2010.

Od roku 2001 w Indonezji wzniesiono ponad 100 Sal Królestwa, ale potrzebne są kolejne.