În 1953, Peter Vanderhaegen a fost numit supraveghetor de circumscripție în Indonezia. Circumscripția sa cuprindea întreaga țară și se întindea pe o suprafață de aproximativ 5 100 de kilometri de la est la vest și 1 800 de kilometri de la nord la sud. În timp ce a parcurs acest teritoriu imens, el a avut multe experiențe cu totul ieșite din comun.

În 1954, fratele Vanderhaegen a călătorit în regiunea estică a Indoneziei, regiune caracterizată de diversitate religioasă care include insulele: Bali, cu o vastă populație hindusă; Lombok și Sumbawa, ai căror locuitori sunt predominant musulmani; Flores, în mare parte catolică și Sumba, Alor și Timor, predominant protestante. Călătorind într-o ambarcațiune nesigură, el a predicat  puțin pe câteva insule aflate în drumul său spre Kupang, un oraș de pe insula Timor. „Am predicat în Timor două săptămâni, a relatat fratele Vanderhaegen. În ciuda ploii torențiale, am distribuit toate publicațiile, am obținut 34 de abonamente la reviste și am început mai multe studii biblice.” Interesul persoanelor de pe această insulă a fost cultivat de pionieri speciali, care au întemeiat o congregație în Kupang. De acolo, vestea bună s-a răspândit în insulele vecine Roti, Alor, Sumba și Flores.

Când clericii protestanți din Kupang au văzut că membrii bisericilor lor îi ascultau pe Martorii lui Iehova, au fost cuprinși de mânie și de invidie. Un cleric de rang înalt i-a poruncit lui Thomas Tubulau, un tinichigiu în vârstă, care avea doar o mână, să nu mai studieze cu Martorii, adăugând că, dacă va continua să le spună altora ce învăța, va fi vărsat sânge. Thomas i-a răspuns cu îndrăzneală: „Niciun creștin n-ar spune așa ceva. Pe mine n-o să mă mai vedeți în biserica dumneavoastră”. Thomas a devenit un vestitor zelos al Regatului, iar fiica sa, pionieră specială.

Însă clerul din Timor era hotărât să oprească activitatea Martorilor lui Iehova. În 1961, din cauza presiunilor făcute de acesta asupra Departamentului Afacerilor Religioase și a autorităților militare locale, lucrarea de predicare din casă în casă a fost interzisă. Prin urmare, frații și-au schimbat metodele de predicare. Ei le vorbeau oamenilor în piețe și la fântâni, pescarilor care își aduceau năvoadele cu pești la țărm și persoanelor din cimitire care îngrijeau mormintele celor dragi. După o lună, autoritățile militare și-au revizuit poziția și au anunțat la radio că în Timor există libertate religioasă. Când Departamentul Afacerilor Religioase a susținut că lucrarea  din casă în casă era în continuare interzisă, frații au cerut ca Departamentul să declare în scris acest lucru. Oficialii au refuzat. După aceea, frații și-au reluat fără probleme lucrarea de predicare din casă în casă.

În 1962, când au sosit în Papua, misionarii Piet și Nell de Jager și Hans și Susie van Vuure au întâmpinat și ei împotrivire din partea conducătorilor religioși creștini. Trei clerici de rang înalt le-au cerut misionarilor să predice în altă parte. De la amvon, în scris și la radio, membrii clerului i-au acuzat în mod fals pe Martorii lui Iehova că instigă la nesupunere față de guvern. De asemenea, i-au manipulat, i-au amenințat sau i-au mituit pe toți enoriașii care au început să studieze cu misionarii. În plus, au făcut presiuni asupra căpeteniilor comunităților locale să se împotrivească lucrării de predicare.

Eforturile lor au avut rezultate neașteptate când o căpetenie i-a invitat pe misionari să vorbească în satul său. „După ce căpetenia i-a adunat pe săteni, eu și Piet am prezentat două cuvântări scurte, în care am explicat natura lucrării noastre, a povestit Hans. Apoi soțiile noastre le-au arătat într-o demonstrație cum am fi bătut la ușile lor, am fi acceptat invitația de a intra în casă și le-am fi împărtășit un mesaj scurt din Biblie. Căpetenia și sătenii au reacționat favorabil la prezentarea noastră și ne-au permis să ne desfășurăm în mod liber lucrarea.”

Aceste incidente și altele au urmat toate același tipar. Rareori s-au opus musulmanii lucrării de predicare; în mod invariabil, cei care ni s-au împotrivit au fost clericii creștini. La fel se întâmplă și în prezent.

Isus le-a spus discipolilor săi: „Veți fi târâți înaintea guvernatorilor și a regilor din cauza mea, ca mărturie  pentru ei și pentru națiuni” (Mat. 10:18). Aceste cuvinte s-au adeverit de repetate ori în Indonezia.

În 1960, un renumit teolog olandez din Jakarta a publicat o carte în care i-a numit pe Martorii lui Iehova creștini falși. Această carte i-a determinat pe mulți clerici să se opună Martorilor. De pildă, clericii dintr-un oraș au scris Departamentului Afacerilor Religioase acuzându-i pe Martori că „provocau confuzie în rândul membrilor bisericilor lor”. Când oficialii guvernamentali i-au invitat pe frați să răspundă la acuzații, aceștia au prezentat faptele și au depus o mărturie bună. Un oficial l-a sfătuit pe colegul său: „Lasă-i pe Martorii lui Iehova în pace. Ei îi trezesc pe protestanții adormiți”.

 În 1964, un grup de clerici protestanți din Papua au cerut Comitetului parlamentar pe probleme religioase și sociale să interzică lucrarea Martorilor lui Iehova. Atunci filiala a solicitat să prezinte o apărare înaintea Comitetului. „Am vorbit în fața Comitetului aproape o oră și am explicat clar în ce constă lucrarea noastră de instruire biblică, a spus Tagor Hutasoit. Un politician protestant, care ni se împotrivea ne-a acuzat pe nedrept că provocăm tulburare pe plan religios în Papua. Însă majoritatea musulmanilor din Comitet erau de partea noastră. Ei ne-au spus: «Constituția garantează libertatea religioasă, deci aveți dreptul să predicați».” După această întrevedere, un înalt oficial guvernamental din Papua a declarat: „Noul guvern . . . susține libertatea religioasă, care este garantată și cultelor mai noi”.