В греческой Септуагинте слова экклеси́а (озн. «собрание») и синагоге́ (озн. «сведение вместе») используются как взаимозаменяемые. Со временем слово «синагога» стало применяться к месту или зданию, где проходило собрание. Однако это слово не утратило полностью и своего первоначального значения, поскольку Великой Синагогой называлось не большое здание, а собрание известных ученых, которые, как считается, определили канон Еврейских Писаний для палестинских иудеев. Полагают, что Великая Синагога начала действовать в дни Ездры или Неемии и существовала до времени появления Великого Синедриона, то есть примерно до III в. до н. э. Иаков применил слово синагоге́ к христианской встрече, или собранию (Иак 2:2).

В Откровении 2:9; 3:9 слово «синагога» применяется к собранию тех, кто подчиняется власти Сатаны. Также в Библии упоминается «Синагога вольноотпущенников» (Де 6:9; см. ВОЛЬНООТПУЩЕННИК, СВОБОДНЫЙ).

Когда появились синагоги, точно не известно, но, по-видимому, это произошло во время 70-летнего вавилонского плена, когда не было храма, или вскоре после того, как иудеи вернулись на родину и священник Ездра ясно указал на то, что народ должен знать Закон.

Когда Иисус Христос жил на земле, в каждом палестинском городе, даже в самом маленьком, была синагога, а в больших городах — несколько. Много синагог было в Иерусалиме. В Писании упоминается даже о синагоге, которую построил иудеям римский сотник (Лк 7:2, 5, 9). Наиболее хорошо сохранившиеся остатки  синагоги были обнаружены в Телль-Хуме (Кфар-Нахуме), где, предположительно, располагался древний Капернаум. Это здание было двухэтажным. Его датируют концом II — началом V в. н. э. Оно было построено на месте еще более древней синагоги, которая датируется I в. н. э. Частичные раскопки той ранней синагоги показали, что она была 24,2 м в длину и 18,5 м в ширину.

В каждой древней синагоге было хранилище для свитков Писаний. Очевидно, в самый ранний период свитки в целях безопасности хранили либо вне главного здания, либо в отдельной комнате в нем. Со временем их стали класть в переносной ковчег, или ящик, который на время встреч ставили на предназначенное для него место в зале. Позднее ковчег стал архитектурной частью здания: его устанавливали у одной из стен или встраивали в нее. Рядом с ковчегом были места, на которых лицом к залу сидели начальники синагоги и почетные гости (Мф 23:6). По традиции в центре синагоги располагалось возвышение, с которого читали Закон. С трех сторон от него находились скамейки для присутствующих; женщины, вероятно, сидели отдельно. Судя по всему, было важно, как располагалась синагога: ее старались построить так, чтобы присутствующие смотрели в сторону Иерусалима. (Ср. Дан 6:10.)

Программа богослужений. Синагоги предназначались для обучения, а не для принесения жертв. Жертвы приносили только в храме. В синагогах восхваляли Бога, молились, читали (а иногда цитировали наизусть) и объясняли Писание, а также наставляли слушателей и произносили проповеди. Бога восхваляли словами из Псалмов. Со временем молитвы, частично взятые из Писания, стали длинными и превратились в ритуал. Часто их произносили напоказ (Мк 12:40; Лк 20:47).

Одной из составляющих богослужений было чтение «Шма» — по сути, иудейского символа веры. Это название основано на первом слове из отрывка, который зачитывался первым: «Слушай [Шема́], Израиль: наш Бог Иегова — один Иегова» (Вт 6:4). Наиболее важной частью служения в синагоге было чтение Торы, или Пятикнижия. Тору читали по понедельникам, четвергам и субботам. Во многих синагогах график чтения Закона составлялся так, чтобы прочитать его в течение одного года; в некоторых синагогах Закон прочитывали за три года. Ввиду того что чтению Торы придавалось большое значение, ученик Иаков мог сказать членам руководящего совета в Иерусалиме: «С древних времен у Моисея во всех городах есть проповедующие его, потому что каждую субботу его читают вслух в синагогах» (Де 15:21). В Мишне (Мегила 4:1, 2) также упоминается о чтении и объяснении отрывков из пророческих книг, каждый из которых назывался гафтара. Когда Иисус пришел в синагогу своего родного города Назарета, ему по обычаю дали свиток с гафтарой. Он прочитал и затем объяснил этот отрывок (Лк 4:17—21).

После чтения Торы и гафтары и их объяснения наступало время для наставлений или проповеди. В Библии говорится, что Иисус учил и проповедовал в синагогах по всей Галилее. Лука сообщает, что однажды «после чтения Закона и Пророков» Павла и Варнаву попросили что-нибудь рассказать, или выступить с проповедью (Мф 4:23; Де 13:15, 16).

Служение Павла. После Пятидесятницы 33 г. н. э. и образования христианского собрания апостолы, особенно Павел, много проповедовали в синагогах. Придя в какой-либо город, Павел обычно направлялся сначала в синагогу и проповедовал там, предоставляя иудеям возможность первыми услышать благую весть о Царстве, а затем шел проповедовать людям из других народов. Иногда он проповедовал в синагоге достаточно долго, несколько суббот. В Эфесе он учил в синагоге три месяца, а когда ему стали противодействовать, он отделил учеников, которые поверили, и примерно два года учил в школе Тиранна (Де 13:14; 17:1, 2, 10, 17; 18:4, 19; 19:8—10).

Павел не проводил в иудейских синагогах христианских встреч. Также его служение не имеет ничего общего с традицией воскресного посещения церкви, поскольку он учил иудеев не в воскресенье, а в субботу, когда они собирались в синагоге.

Сходство с христианским собранием. Христианам из иудеев было легко организовать встречи для изучения Библии, на которых придерживались определенного порядка, так как эти встречи проводились по образцу богослужений в синагоге, с которым они были хорошо знакомы. У этих встреч было много общего. Как в иудейских синагогах, так и в христианском собрании не было отдельного класса духовенства, или священников, которые обладали бы правом говорить на встречах. В синагоге читать и объяснять Писание мог любой богобоязненный иудей. В христианском собрании все должны были участвовать во встречах и побуждать к любви и добрым делам — конечно, не нарушая при этом порядка (Евр 10:23—25).  В иудейских синагогах женщины не учили и не властвовали над мужчинами; так же было и на христианских встречах. В 14-й главе Первого письма коринфянам содержатся указания о том, как проводить христианские встречи, из которых видно, что те встречи во многом походили на богослужения в синагоге (1Кр 14:31—35; 1Тм 2:11, 12).

В синагоге были начальники и надзиратели — подобный порядок был и у христиан (Мк 5:22; Лк 13:14; Де 20:28; Рм 12:8). Как в синагоге, так и в раннем христианском собрании были помощники, или служители. Один из таких служителей назывался посланником, или вестником, синагоги. И хотя в исторических источниках не упоминается о том, что в раннем христианском собрании были такие служители, в посланиях к семи собраниям Малой Азии Иисус Христос применяет к определенным людям слово «ангел», означающее «вестник» (Лк 4:20; 1Тм 3:8—10; Отк 2:1, 8, 12, 18; 3:1, 7, 14).

Сходство прослеживается и в других отношениях. Отдельные синагоги признавали власть Синедриона, находившегося в Иерусалиме, так же и христианские собрания признавали власть руководящего совета в Иерусалиме, как это ясно видно из 15-й главы Деяний. Ни там, ни там не проводились денежные сборы, но делались пожертвования на нужды собрания, его служителей и бедных (2Кр 9:1—5).

И в синагогах, и в собрании вершили суд. В синагогах разбирали несложные дела, связанные с иудеями; так же и апостол Павел говорил, что христиане должны доверять решение проблем, возникающих между ними, зрелым мужчинам, а не идти в мирские суды (1Кр 6:1—3). Однако в синагоге применялись телесные наказания, а в христианском собрании наказание ограничивалось осуждением. И подобно порядку, существовавшему у иудеев в синагогах, самое суровое наказание, которому мог подвергнуться тот, кто называл себя христианином, заключалось в изгнании, или исключении, его из христианского собрания — другие переставали с ним общаться (1Кр 5:1—8, 11—13; см. ИЗГНАНИЕ, ИСКЛЮЧЕНИЕ; СОБРАНИЕ, ОБЩЕСТВО).

Иисус предсказал, что его последователей будут бить плетью в синагогах (Мф 10:17; 23:34; Мк 13:9) и изгонять оттуда (Ин 16:2). Некоторые иудейские начальники поверили в Иисуса, но из страха быть изгнанными из иудейского собрания они не признавали его открыто (Ин 12:42). Человека, которого Иисус исцелил от врожденной слепоты, иудеи выгнали за то, что он свидетельствовал об Иисусе (Ин 9:1, 34).