Počas zákazu sa väčšina zborov stretávala v súkromných domoch. Bratia na seba nechceli zbytočne pútať pozornosť, a tak sa v mnohých zboroch nespievali piesne Kráľovstva. Na niektorých miestach, kde sa stretávali, úrady občas urobili raziu, no bratov to zvyčajne príliš nerozrušilo.

Na konanie zjazdov sa často využívali rodinné stretnutia alebo svadby. Tagor Hutasoit hovorí: „Páry svoje manželstvo najprv zaregistrovali a potom získali od polície povolenie na veľkú svadbu. Počas svadby mladomanželia sedeli na pódiu, zatiaľ čo bratia prednášali biblické prejavy.“

Na jednom zjazde k Tagorovi súkromne podišiel policajt.

„Väčšinou svadby trvajú len dve alebo tri hodiny. Prečo sú tie vaše od rána až do večera?“ opýtal sa.

„Niektorí mladomanželia majú veľa problémov, a tak potrebujú mnoho užitočných rád z Božieho Slova,“ odvetil Tagor.

„Má to niečo do seba,“ prikývol policajt.

 Pod zámienkou viacerých svadieb bratia na jednom štadióne v Jakarte predniesli časť prejavov regionálneho zjazdu „Jednota Kráľovstva“ z roku 1983. Vrcholný počet účastníkov zjazdu bol takmer 4 000 prítomných. Ešte pred začiatkom programu sa dalo v súkromí pokrstiť 125 nových bratov a sestier. Neskôr, keď sa zákaz tak tvrdo nepresadzoval, sa mohli konať ešte väčšie zjazdy. Na jednom z nich bolo viac než 15 000 prítomných.

V 80. a 90. rokoch minulého storočia pobočka opakovane žiadala vládu, aby zrušila zákaz Jehovových svedkov. Bratia z rôznych krajín písali indonézskej vláde a jej veľvyslancom a pýtali sa, prečo sú Jehovovi svedkovia v Indonézii zakázaní. Hoci mnohí úradníci chceli zákaz zrušiť, oddelenie, ktoré malo na starosti protestantské cirkvi a malo v krajine veľkú moc, opakovane ich snahy marilo.

V roku 1990 bratia usúdili, že na nejakom nenápadnom mieste by mohli postaviť novú pobočku. V tom istom roku vedúci zbor schválil kúpu pozemku neďaleko mesta Bogor, asi 40 kilometrov južne od Jakarty. No väčšina miestnych bratov nemala s prácou na stavbe žiadne skúsenosti. Ako teda postavia novú pobočku?

Pomohli im bratia z iných krajín. Brooklynská stavebná kancelária a austrálska regionálna projektová kancelária dodali architektonické plány. Počas dvoch rokov poskytlo odbornú pomoc asi 100 medzinárodných dobrovoľníkov.

Indonézsky brat Hosea Mansur, ktorý vybavoval veci na miestnych úradoch, spomína: „Keď moslimskí úradníci videli na mojej helme iniciály H. M., mysleli si, že písmeno H znamená ‚hádždž‘, čestný titul moslima, ktorý vykonal púť do Mekky. Preto boli ku mne veľmi úctiví. Tento omyl uľahčil napredovanie stavebných prác.“

Nové budovy pobočky boli zasvätené 19. júla 1996. Prejav predniesol člen vedúceho zboru John Barr. Na zasvätení bolo 285 prítomných — 118 zástupcov pobočiek,  bývalí misionári z mnohých krajín a 59 členov indonézskej rodiny Bétel. V nasledujúcich dvoch dňoch sa v Jakarte konal regionálny zjazd „Poslovia božského pokoja“, na ktorý prišlo 8 793 ľudí.

V roku 1998 odstúpil dlhoročný indonézsky prezident Soeharto (Suharto) a tým uvoľnil cestu novej vláde. Bratia sa preto ešte viac usilovali o zrušenie zákazu.

V roku 2001 prišiel do New Yorku indonézsky minister zahraničných vecí Djohan Effendi. Navštívil aj brooklynský Bétel a stretol sa s tromi bratmi z vedúceho  zboru. To, čo videl, naňho silne zapôsobilo, a uznal, že Jehovovi svedkovia majú na celom svete dobrú povesť. Tento minister bol za zrušenie zákazu, ale povedal, že posledné slovo v tejto veci má generálny prokurátor Indonézie Marzuki Darusman.

Generálny prokurátor bol tiež za zrušenie zákazu, ale úradníci na jeho oddelení, ktorí boli proti svedkom, veci odďaľovali, lebo dúfali, že čoskoro ho nahradí niekto iný. Nakoniec 1. júna 2001 generálny prokurátor predvolal Tagora Hutasoita do svojej kancelárie. Tagor spomína: „Pred 25 rokmi som v tej istej kancelárii dostal dokument o tom, že Jehovovi svedkovia sú zakázaní. Ale teraz mi generálny prokurátor podal dokument o zrušení tohto zákazu. Bol to jeho posledný deň v tejto funkcii.“

Dňa 22. marca 2002 indonézske ministerstvo pre náboženské záležitosti oficiálne zaregistrovalo Jehovových svedkov. Minister zástupcom pobočky povedal: „Tento dokument o registrácii vám neudeľuje náboženskú slobodu. Tá je od Boha. Potvrdzuje len, že vláda oficiálne uznala vaše náboženstvo. Teraz máte rovnaké práva ako ostatné náboženstvá a vláda je vám k službám.“