Začiatkom roku 1942 vtrhlo do Indonézie japonské vojsko a násilne ju obsadilo. Mnohí bratia museli ťažko manuálne pracovať — stavali cesty a čistili priekopy. Iných poslali do špinavých vojenských táborov a mučili ich za to, že odmietli podporovať vojnu. Najmenej traja bratia vo väzení zomreli.

Holandská sestra Johanna Harpová žila vo vzdialenej horskej dedine na Východnej Jáve. Počas prvých dvoch vojnových rokov sa jej podarilo vyhnúť pracovným táborom. Vďaka tomu ona a jej tri dospievajúce deti  preložili knihu Záchrana a niektoré čísla Strážnej veže z angličtiny do holandčiny. * Tieto publikácie sa potom kopírovali a tajne dopravovali bratom po celej Jáve.

Niekoľkí svedkovia, ktorí ešte boli na slobode, sa stretávali len v malých skupinkách a zvestovali veľmi obozretne. Josephine Eliasová (za slobodna Tanová) rozpráva: „Stále som hľadala príležitosti neformálne hovoriť o biblickej pravde. Keď som navštevovala tých, ktorí prejavili záujem o biblické posolstvo, nosievala som so sebou šachovnicu, aby si ľudia mysleli, že si chodím zahrať šach.“ Felix Tan s manželkou Bolou zvestovali od dverí k dverám pod zámienkou, že predávajú mydlo. Felix spomína: „Často nás sledovali agenti obávanej japonskej vojenskej polície Kempeitai. Aby sme neboli podozriví, na biblické štúdiá sme chodili v rôznom čase. Šiesti záujemcovia, s ktorými sme študovali, robili pekné pokroky a ešte počas vojny sa dali pokrstiť.“

Keď si už bratia zvykli na vojnové útrapy, prišla ďalšia veľká skúška. Japonské úrady nariadili všetkým cudzincom (vrátane indonézskych Číňanov), aby sa zaregistrovali a nosili identifikačnú kartu s prísahou vernosti japonskému cisárstvu. Mnohí bratia si kládli otázku: Mali by sme sa zaregistrovať a podpísať túto kartu alebo by sme to mali odmietnuť?

Felix Tan hovorí: „Bratia z Jakarty na nás v Sukabumi naliehali, aby sme túto identifikačnú kartu nepodpisovali. No my sme sa úradov opýtali, či by sme mohli  znenie na karte preformulovať z ‚dolupodpísaný prisahá vernosť‘ na ‚dolupodpísaný nebude klásť odpor‘ japonskej armáde. Na naše prekvapenie súhlasili, a tak sme si všetci karty prevzali. Keď sa o tom dopočuli bratia v Jakarte, nazvali nás odpadlíkmi a prerušili s nami kontakt.“

Žiaľ, mnohí bratia, ktorí zastávali tento krajný postoj, boli zatknutí a zriekli sa pravdy. Jeden brat, ktorý odmietol urobiť kompromis, skončil vo väzení, kde sa stretol s Andrém Eliasom. André spomína: „Hovorili sme spolu o otázke registrácie a pomohol som mu získať vyrovnanejší názor. Pokorne sa ospravedlnil za to, že sa s nami prestal kontaktovať. Potom sme spolu prežili krásne chvíle plné vzájomného povzbudenia. Žiaľ, pre neľudské podmienky vo väzení zomrel.“

Keď sa v roku 1945 vojna skončila, bratia a sestry boli odhodlaní ďalej horlivo zvestovať. Jeden brat, ktorého  väznili a mučili, napísal austrálskej pobočke: „Po štyroch dlhých ťažkých rokoch som opäť tu, nezlomený, s rovnakým presvedčením. Počas všetkých tých ťažkostí som na bratov nikdy nezabudol. Môžete mi, prosím, poslať zopár kníh?“

Do krajiny sa čoskoro dostala vytúžená literatúra. Najprv len v malom množstve a neskôr aj vo väčšom. Skupinka desiatich zvestovateľov v Jakarte opäť začala prekladať publikácie do indonézštiny.

Vodcovia indonézskeho hnutia za nezávislosť 17. augusta 1945 vyhlásili Indonéziu za nezávislú republiku. To viedlo k revolúcii proti holandskej koloniálnej vláde, ktorá trvala štyri roky. Nasledoval chaos, počas ktorého zomrelo desaťtisíce ľudí a viac než sedem miliónov bolo prinútených odísť zo svojich domovov.

Bratia aj cez revolúciu zvestovali z domu do domu. Josephine Eliasová spomína: „Vlastenci sa pokúšali prinútiť nás, aby sme prevolávali ich bojový pokrik ‚Merdeka‘, teda ‚Sloboda‘. My sme im však povedali, že v politických záležitostiach sme neutrálni.“ V roku 1949 Holanďania odovzdali vládu nad svojou dlhoročnou kolóniou Spojeným štátom indonézskym (v súčasnosti Indonézska republika). *

V roku 1950 bratia v Indonézii už desať rokov vytrvávali napriek mnohým ťažkostiam. No bolo pred nimi ešte veľa práce. Ako budú zvestovať dobré posolstvo tomu obrovskému množstvu ľudí v tejto krajine? Z ľudského hľadiska sa to zdalo nemožné! No bratia sa nenechali odradiť a plne dôverovali, že Jehova „vyšle robotníkov do svojej žatvy“. (Mat. 9:38) A Jehova to aj urobil.