Коли провідники християнських церков дізналися, що Свідки Єгови отримали свободу віросповідання, то почали бити на сполох. Понад 700 пасторів та впливових представників семи протестантських церков прибули на семінар до Джакарти з метою спонукати уряд скасувати свободу. Проте позиція уряду залишалась незмінною.

Новина про зняття заборони розлетілася по всій країні, і чимало зацікавлених стали звертатися до філіалу з проханням надіслати їм літературу чи розпочати з ними біблійне вивчення. У 2003 році Спомин відвідало понад 42 000 осіб, це майже в два з половиною рази більше ніж вісників в Індонезії. А на районний конгрес у Джакарті прийшло майже 10 000 осіб. Серед присутніх був один високопосадовець з Департаменту в справах релігій. Його вразило те, як молоді і літні відшукують у своїх Бібліях згадані промовцем вірші. Він запевнив братів, що буде боротися з неправдивою інформацією, яку поширюють про Свідків Єгови.

Зняття заборони також дало можливість місіонерам повернутися до Індонезії. Одними з перших повернулися Йозеф і Гераваті Нойгардт * з Соломонових островів, Еса та Вільгельміна Таргонен, Райнер і Феломена Тайхманн з Тайваню та Білл і Нена Перрі з Японії. Окрім них, приїхали нові місіонери, які щойно закінчили «Гілеад» та були призначені на  Калімантан, у Північну Суматру, Північне Сулавесі й інші віддалені території.

У 2005 році філіал організував навчання у двох теократичних школах. Юліанус Беніг, один з викладачів Школи удосконалення служіння (сьогодні Школа для проповідників Царства), розповів: «Я допомагав студентам ставати ліпшими вчителями та промовцями, аби вони приносили ще більшу користь для організації, і це мені дуже подобалося». Чимало випускників цієї школи служать сьогодні спеціальними піонерами чи районними наглядачами. Більшість братів, які відвідали перший клас Школи для роз’їзних наглядачів *, вчилися, як служити ще під час заборони. Школа допомогла їм віддано виконувати роз’їзне служіння після того, як заборону було знято. Пончо Прачойо, який закінчив перший клас цієї школи, зазначив: «Навчання допомогло  мені стати співчутливішим і відповідальнішим у районному служінні, а також відсвіжило мене і спонукало до дій!»

Упродовж 25-річної заборони збори в Індонезії зазвичай проводили зібрання у невеликих приватних будинках. Мало який збір міг дозволити собі збудувати Зал Царства, і майже неможливо було отримати дозвіл на таке будівництво. Оскільки кількість зборів швидко зростала, то зростала і потреба в місцях для поклоніння. Тож у філіалі було організовано відділ будівництва Залів Царства (сьогодні місцевий відділ проектування та будівництва).

Острів Ніас, що в провінції Північна Суматра, став однією з перших територій, де почала діяти нова програма будівництва. Брат Гаугоаро Геа, який вже довгий час служить у зборі міста Гунунгсітолі, каже: «Ми були у захваті, коли почули, що в нас збираються будувати Зал Царства. Філіал призначив на цей проект семеро будівельників-добровольців. І в 2001 році будівництво було завершено». Фаунасекі Лаулі, член місцевого будівельного комітету, пригадує: «Раніше ми збиралися в малих приватних будинках, і через це люди зневажливо ставилися до Свідків Єгови. Але коли в нас з’явився свій зал, на зібрання вже приходило не 20, а 40 осіб. За рік кількість присутніх зросла більш ніж на 500 відсотків. Наш зал є найгарнішою будівлею в цій території, і тепер Свідків Єгови поважають».

У 2006 році в Бандунзі (Західна Ява) брати почали шукати ділянку для будівництва першого в місті Залу Царства. «Ми шукали відповідну ділянку майже рік,— розказує старійшина, на ім’я Сінгап Панджейтан, який служив у будівельному комітеті.—  Крім того, щоб отримати дозвіл на будівництво, нам треба було мати згоду сусідів. І, хоча ми потребували тільки 60 підписів, свою згоду дали 76 людей, у тому числі одна впливова жінка, яка спершу протидіяла нам. Коли будівництво було закінчено, ми запросили до залу наших сусідів та мера Бандунга, який сказав: “Інші церкви можуть навчитися від вас того, яким чистим і охайним має бути місце для поклоніння Богові”». У 2010 році відбулося присвячення цього двоповерхового Залу Царства.

З 2001 року в Індонезії побудовано понад 100 Залів Царства, але й далі існує велика потреба.