Whiston còn được biết đến, đặc biệt đối với những người nghiên cứu Kinh Thánh, bởi bản dịch Anh ngữ các tài liệu của sử gia Do Thái sống vào thế kỷ thứ nhất, Flavius Josephus. Sách The Works of Josephus tiết lộ nhiều thông tin về lịch sử của người Do Thái và tín đồ đạo Đấng Ki-tô thời ban đầu.

Whiston đã vận dụng tài trí của mình vào nhiều lĩnh vực, đặc biệt là khoa học và tôn giáo. Ông tin rằng lời tường thuật trong Kinh Thánh về sự sáng tạo là chính xác và những thiết kế, tính tao nhã cùng sự trật tự trong thiên nhiên là bằng chứng cho thấy có một Kiến Trúc Sư siêu phàm.

Ngoài ra, Whiston tin rằng lý do khiến các giáo hội Ki-tô giáo bị chia rẽ thành nhiều giáo phái là vì hàng giáo phẩm đã đi trệch khỏi sự dạy dỗ trong Kinh Thánh, thay thế vào đó bằng những sự dạy dỗ không đến từ Kinh Thánh và truyền thống do các giáo phụ cũng như giới lãnh đạo trong các giáo hội đặt ra.

Vì ý thức Kinh Thánh chứa đựng sự thật đến từ Đức Chúa Trời, Whiston bác bỏ khái niệm về sự hành hạ đời đời trong hỏa ngục. Theo quan điểm của ông, niềm tin này là phi lý và tàn ác, đồng thời bôi nhọ Đức Chúa Trời. Tuy nhiên, điều đặc biệt đặt ông vào thế đối nghịch với giới chức sắc của các giáo hội là việc ông bác bỏ thuyết Chúa Ba Ngôi. Giáo lý này dạy rằng Đức Chúa Trời có ba ngôi ngang hàng và đồng tồn  tại vĩnh hằng, nhưng ba ngôi—Cha, Con và Thánh Linh—không phải là ba, mà chỉ là một Đức Chúa Trời.

Sau quá trình nghiên cứu kỹ lưỡng, Whiston kết luận rằng các tín đồ đạo Đấng Ki-tô thời ban đầu không dạy thuyết Chúa Ba Ngôi, nhưng giáo lý này đã bị du nhập sau đó khi triết học ngoại giáo len lỏi vào Ki-tô giáo *. Dù được bạn bè cảnh báo về mối nguy hiểm của việc xuất bản những phát hiện này, nhưng Whiston không thể làm ngơ trước sự thật đã bị xuyên tạc về bản thể của Chúa Giê-su—tạo vật và Con của Đức Chúa Trời.

Đại học Cambridge sa thải bất cứ ai dạy những ý tưởng trái ngược với giáo lý của Anh giáo, điều này đồng nghĩa với việc Whiston có thể bị mất chức. Tuy nhiên, ông không nín lặng—khác với Newton, người cũng xem thuyết Chúa Ba Ngôi là giáo lý sai lầm nhưng không dám lên tiếng bộc lộ quan điểm của mình. Whiston viết: ‘Tôi sẽ không để bất cứ động cơ trần tục nào... khiến mình nín lặng’.

Năm 1710, Whiston bị đuổi khỏi trường Cambridge. Vì từ chối thỏa hiệp niềm tin, ông “từ một học giả danh tiếng thành người bị xã hội tẩy chay”. Tuy thế, ông vẫn không hề nao núng. Thật vậy, trong thời gian bị cáo buộc là dị giáo, ông viết một loạt tiểu luận có tựa đề Khôi phục Ki-tô giáo nguyên thủy (Primitive Christianity Revived)—từ “nguyên thủy” ám chỉ Ki-tô giáo mà các môn đồ thời ban đầu của Chúa Giê-su thực hành. Sau đó, Whiston thành lập Hội Ủng hộ Ki-tô giáo Nguyên thủy (Society for Promoting Primitive Christianity), địa điểm tổ chức là tại nhà ông ở Luân Đôn.

Dù bị mất chức và có một thời gian gặp khó khăn về tài chính, Whiston tiếp tục sáng tác và diễn thuyết tại các quán cà phê ở Luân Đôn. Năm 1737, để giúp hiểu thêm về bối cảnh lịch sử của tín đồ đạo Đấng Ki-tô thời ban đầu, ông cho ra mắt bản dịch các tài liệu của Josephus. Bản dịch này vẫn tiếp tục được ấn hành từ đó đến nay.

Vì có lập trường can đảm nhưng khác thường, Whiston bị nhiều người thời nay coi là “lập dị”, tác giả James E. Force cho biết. Tuy nhiên, số khác khâm phục ông vì ông là một học giả Kinh Thánh, một người thành tâm tìm kiếm chân lý tôn giáo, và một người kiên quyết sống đúng với niềm tin của mình.